| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,238,283 | C→A | 100% | intergenic (‑183/‑180) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,238,283 | 0 | C | A | 100.0% | 935.6 / NA | 279 | intergenic (‑183/‑180) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (159/120); total (159/120) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTA > CP009273/3238137‑3238428 | aTGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTCCTGGCCTTGCTGTCGTAAg > 2:1809749/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATg < 1:3395778/149‑1 (MQ=255) aTGCTGATAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTc > 2:866524/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |