Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 282,483 | C→A | 6.3% | H460N (CAT→AAT) | yagG → | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 282,483 | 0 | C | A | 6.3% | 746.5 / 15.7 | 198 | H460N (CAT→AAT) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/102); new base A (6/7); total (89/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGA > CP009273/282335‑282630 | ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATccc < 1:2262834/149‑1 (MQ=255) gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCa < 1:952823/149‑1 (MQ=255) gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCa < 1:2089053/149‑1 (MQ=255) 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atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCg > 2:1493651/1‑149 (MQ=255) tGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGa > 1:2821592/1‑149 (MQ=255) tGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGa > 2:2412814/1‑149 (MQ=255) tCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTc < 1:1611923/149‑1 (MQ=255) tCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTc < 2:4030073/149‑1 (MQ=255) 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cGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTccc < 1:3075889/149‑1 (MQ=255) gTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCg > 1:2703390/1‑149 (MQ=255) gcgACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTTTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATc < 2:1632374/149‑1 (MQ=255) gCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCAc < 2:3471421/149‑1 (MQ=255) gCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCAc < 2:85085/149‑1 (MQ=255) gCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTcc > 2:2468505/1‑149 (MQ=255) gCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTcc > 2:2233673/1‑149 (MQ=255) aTCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCg < 1:3081315/149‑1 (MQ=255) aTCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCg < 2:2521410/149‑1 (MQ=255) aTCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGCGCGTGCGCATCTACCACTCCCg > 1:3428914/1‑149 (MQ=255) aTCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCg > 1:185632/1‑149 (MQ=255) ccACTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGa < 1:309438/149‑1 (MQ=255) | GGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGA > CP009273/282335‑282630 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |