| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,302,027 | G→T | 100% | S86* (TCG→TAG) | nlpI ← | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,302,027 | 0 | G | T | 100.0% | 708.1 / NA | 211 | S86* (TCG→TAG) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (104/107); total (104/107) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAA > CP009273/3301881‑3302172 | tCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaa > 2:220682/1‑149 (MQ=255) cAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaa > 2:2866380/1‑149 (MQ=255) aaGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaaa > 1:2902626/1‑149 (MQ=255) 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aTTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCAc > 2:2900337/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACt > 2:1252363/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTc < 1:3702530/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTc < 1:3704165/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTcc > 1:468500/1‑149 (MQ=255) 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tGCTAAAAATCGTTACGCGCTAGTGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTaa > 2:2537803/1‑149 (MQ=255) tGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTAGCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTaa < 2:3867984/149‑1 (MQ=255) | TCAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTGTAA > CP009273/3301881‑3302172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |