Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,312,055 | C→A | 100% | G20G (GGC→GGA) | argG → | argininosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,312,055 | 0 | C | A | 97.0% | 731.8 / 11.5 | 235 | G20G (GGC→GGA) | argG | argininosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base A (117/111); total (121/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGCAAACCTGGGCCAGCCAGACGAAGAGGATTATGATGCGATCCCTCGTCGTGCCATGGAATACGGCGCGGAGAACGCAC > CP009273/3311909‑3312200 | aTGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTc < 2:825293/149‑1 (MQ=255) tGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCt > 1:1299210/1‑149 (MQ=255) aaaaCTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTgg > 1:3469893/1‑149 (MQ=255) 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gAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGa > 2:2669781/1‑149 (MQ=255) aaaTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAg > 2:743233/1‑149 (MQ=255) aaTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGc > 2:3740198/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTCTTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGt > 1:1491279/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGt < 2:1762954/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |