| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,407,007 | G→A | 100% | intergenic (‑183/‑216) | acrS ← / → acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,407,007 | 0 | G | A | 97.8% | 726.5 / 2.8 | 220 | intergenic (‑183/‑216) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (100/115); total (104/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATT > CP009273/3406861‑3407152 | agTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGt > 1:3246107/1‑149 (MQ=255) aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAt < 1:1730792/149‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAt < 1:3775089/149‑1 (MQ=255) aaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt < 2:1740/149‑1 (MQ=255) aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTc < 1:2390344/149‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGc > 1:2428690/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGc < 2:2405068/149‑1 (MQ=255) gCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc < 1:460981/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctc < 1:3822654/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctc > 2:3815295/1‑149 (MQ=255) ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 2:354750/1‑149 (MQ=255) ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 2:354837/1‑149 (MQ=255) ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTACAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 1:3552273/1‑149 (MQ=255) ttAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCa > 1:2867368/1‑149 (MQ=255) aaTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAc > 1:3768077/1‑149 (MQ=255) aTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGATATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAcc < 2:2333843/149‑1 (MQ=255) tCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAccc < 1:116690/149‑1 (MQ=255) aTCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg > 2:1163454/1‑149 (MQ=255) tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:3507794/149‑1 (MQ=255) tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGt < 1:4026028/149‑1 (MQ=255) aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCa > 2:1863863/1‑149 (MQ=255) aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCa > 2:315429/1‑149 (MQ=255) cTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATAAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTTACTCTTTCAACCCTCGTCaaa > 2:3803310/1‑149 (MQ=255) tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 2:257612/149‑1 (MQ=255) tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 2:3640269/149‑1 (MQ=255) tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaaa < 1:1928540/149‑1 (MQ=255) gtgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaa < 1:3554513/149‑1 (MQ=255) gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc < 1:2114588/149‑1 (MQ=255) gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc > 2:3010462/1‑149 (MQ=255) tATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACa > 1:2750620/1‑149 (MQ=255) tttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGt > 2:2199336/1‑149 (MQ=255) ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTa < 1:1260411/149‑1 (MQ=255) tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAg < 1:159014/149‑1 (MQ=255) taCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 1:1545955/149‑1 (MQ=255) aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAat > 2:3406957/1‑149 (MQ=255) aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAat > 2:383553/1‑149 (MQ=255) gagaGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 2:3440659/149‑1 (MQ=255) agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGCCAAAATAAAACAGTAGAATAtt < 1:693308/149‑1 (MQ=255) atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Ctttt > 1:3306585/1‑149 (MQ=255) tatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Cttttt > 2:764877/1‑149 (MQ=255) ttGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑Cttttttt < 1:2806813/149‑1 (MQ=255) aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTtgtg < 1:3506860/149‑1 (MQ=255) aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTtgtg < 1:1460530/149‑1 (MQ=255) gTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCCTTTTTTtgtg > 1:3794598/1‑149 (MQ=255) ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGtt < 1:1003430/149‑1 (MQ=255) gCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTa > 2:2598984/1‑149 (MQ=255) taAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTAtgtg < 2:204531/149‑1 (MQ=255) taAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTAtgtg > 1:1126582/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGcc > 2:2671782/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGcc < 2:2750620/149‑1 (MQ=255) tCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGACTAGTAAT‑CTTTTTGGGGGTTGATGTGCGtt > 1:2765946/1‑149 (MQ=255) aaataaatAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGAt < 2:1191250/149‑1 (MQ=255) taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGcc < 2:1011199/149‑1 (MQ=255) taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGcc > 2:1487457/1‑149 (MQ=255) ataataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGt > 2:1897440/1‑149 (MQ=255) tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTAAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCAt < 1:3270292/149‑1 (MQ=255) atatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa < 2:3306585/149‑1 (MQ=255) atagTAATTACCTAAGATACATTCACTACATCAATAAATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCATTGAGATGCCTGTATTCATa > 2:1316017/1‑149 (MQ=255) tattatTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATaa > 1:3845697/1‑149 (MQ=255) attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAAc < 1:3805551/149‑1 (MQ=255) attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAAc < 1:985854/149‑1 (MQ=255) ttattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACt < 2:2761046/149‑1 (MQ=255) attTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAt > 1:1533500/1‑149 (MQ=255) tttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAtt > 1:3068417/1‑149 (MQ=255) ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTc < 2:1672374/149‑1 (MQ=255) ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTATTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTc < 1:1812009/149‑1 (MQ=255) aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt > 1:3005698/1‑149 (MQ=255) aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt < 1:3148394/149‑1 (MQ=255) aCCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt < 2:4033929/149‑1 (MQ=255) ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCtt > 1:2656588/1‑149 (MQ=255) ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCtt < 1:1228919/149‑1 (MQ=255) aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa > 2:1387452/1‑149 (MQ=255) aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa < 2:2867368/149‑1 (MQ=255) aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:1654268/1‑149 (MQ=255) aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:3497494/1‑149 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATc < 2:1087/149‑1 (MQ=255) atacatacACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGAGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑ATTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcg > 2:1772458/1‑149 (MQ=255) cACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATg > 2:924296/1‑149 (MQ=255) aCTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGa < 1:2670554/149‑1 (MQ=255) tACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATa > 1:1160906/1‑149 (MQ=255) cATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAt < 2:290430/149‑1 (MQ=255) aTCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAtt < 1:764877/149‑1 (MQ=255) aTCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAtt < 1:2070544/149‑1 (MQ=255) aTCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAtt < 1:958921/149‑1 (MQ=255) tCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAttt > 1:2507025/1‑149 (MQ=255) aaTATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGAGAATTTGt > 1:1098106/1‑149 (MQ=255) atatatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTa < 2:61393/149‑1 (MQ=255) atatatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTa > 1:415369/1‑149 (MQ=255) atatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAgg > 2:2500216/1‑149 (MQ=255) tatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGa > 2:2314969/1‑149 (MQ=255) atatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGAt < 1:3322290/149‑1 (MQ=255) tatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATa < 2:3599939/149‑1 (MQ=255) tatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATa < 2:3601494/149‑1 (MQ=255) tatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATa < 1:1762067/149‑1 (MQ=255) tatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATa > 1:1673089/1‑149 (MQ=255) tatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATAGACGAATGATAATTTGTAGGATa > 2:2270250/1‑149 (MQ=255) tttCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGc > 2:1738525/1‑149 (MQ=255) aaTTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAAc > 2:2075641/1‑149 (MQ=255) aTTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGAGAATTTGTAGGATAGCGAACt > 1:3450186/1‑149 (MQ=255) aCGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTAt > 1:2987600/1‑149 (MQ=255) | AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAAT‑CTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATT > CP009273/3406861‑3407152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |