Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,411,250 | G→T | 100% | E953D (GAG→GAT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,411,250 | 0 | G | T | 97.5% | 718.2 / 8.1 | 236 | E953D (GAG→GAT) | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (125/105); total (129/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTG > CP009273/3411104‑3411395 | gTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag < 2:72018/149‑1 (MQ=255) gTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag < 2:3439524/149‑1 (MQ=255) gTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag < 2:2588920/149‑1 (MQ=255) ttAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga < 2:1569235/149‑1 (MQ=255) aGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAgg < 1:2797394/149‑1 (MQ=255) aGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAgg > 2:1006699/1‑149 (MQ=255) gATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTa < 1:2722199/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTaaa < 1:1232105/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTaaa < 2:869555/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTaaa > 2:1295552/1‑149 (MQ=255) tGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAg < 1:3991166/149‑1 (MQ=255) tGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTAGGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAg < 2:426744/149‑1 (MQ=255) tCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGgt > 2:2677518/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCGAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGgtgt < 2:31419/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGtgtt < 1:3314381/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGa < 1:742351/149‑1 (MQ=255) tgctgGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGaa < 2:1535068/149‑1 (MQ=255) tgGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCg > 2:3809545/1‑149 (MQ=255) tgGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCg < 2:2071269/149‑1 (MQ=255) gACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGa > 1:542855/1‑149 (MQ=255) acacTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAt < 2:3552558/149‑1 (MQ=255) acacTCTTTAATAAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGGGGGCTTGCTAACGACATTTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAt < 1:3148288/149‑1 (MQ=255) cacTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATg > 1:3942046/1‑149 (MQ=255) ctctTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGc > 1:840892/1‑149 (MQ=255) tttAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGt < 2:3659446/149‑1 (MQ=255) tttAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTGGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGt < 2:1103046/149‑1 (MQ=255) tAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTAc > 2:2712117/1‑149 (MQ=255) aaTCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACg > 1:3650600/1‑149 (MQ=255) aTCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATAGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGATGAAGCGACACTGATGGCAGTACGt > 2:4063948/1‑149 (MQ=255) tCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAACCGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTa < 1:2463150/149‑1 (MQ=255) tCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTa > 1:3901890/1‑149 (MQ=255) aaaaaaaTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtg > 2:1223101/1‑149 (MQ=255) aaaaaTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcg > 1:2342092/1‑149 (MQ=255) aaaaaTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcg > 2:2252302/1‑149 (MQ=255) aaaaTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgt > 1:876561/1‑149 (MQ=255) aaaTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtc < 2:780226/149‑1 (MQ=255) aTGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctg > 2:1710185/1‑149 (MQ=255) tGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctgc > 1:3693022/1‑149 (MQ=255) tGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctgc > 1:1704823/1‑149 (MQ=255) aCGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctgcgt > 1:3234267/1‑149 (MQ=255) gTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTcc > 1:3406077/1‑149 (MQ=255) tCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCt > 2:2685648/1‑149 (MQ=255) tCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCt > 2:1626591/1‑149 (MQ=255) cTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATcc < 1:3449874/149‑1 (MQ=255) cTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATcc < 1:782788/149‑1 (MQ=255) cTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATcc < 1:1126550/149‑1 (MQ=255) tttATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCt < 1:2187647/149‑1 (MQ=255) tATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCtga > 2:1161300/1‑149 (MQ=255) aTGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCtgat < 2:632691/149‑1 (MQ=255) tggtggGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCtgatg > 2:2926298/1‑149 (MQ=255) ggtggGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCtgatga < 2:1752862/149‑1 (MQ=255) gtggGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGAc > 1:4067292/1‑149 (MQ=255) gtggGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGAc > 1:3394327/1‑149 (MQ=255) tggGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGAcc < 2:2716394/149‑1 (MQ=255) tAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGcc > 2:1113934/1‑149 (MQ=255) tAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGcc < 1:1124707/149‑1 (MQ=255) aaCGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACTCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCt < 1:1006699/149‑1 (MQ=255) aaCGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCt < 2:114546/149‑1 (MQ=255) gACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTa < 2:311379/149‑1 (MQ=255) aaTTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATtc < 2:3245968/149‑1 (MQ=255) ttGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTCTtctc > 2:3901737/1‑149 (MQ=255) tGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTa < 2:3407260/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTAt > 2:1657732/1‑149 (MQ=255) tCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTAtt < 2:2320776/149‑1 (MQ=255) ggCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTAc > 1:1380687/1‑149 (MQ=255) ggCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTAc > 2:253268/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCgct < 2:1616737/149‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCgct < 2:3276801/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCgcta > 2:1659031/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCgcta > 1:1551836/1‑149 (MQ=255) aaCGCTATTTTGATCGTTGATTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAATGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCgctagc < 1:1363145/149‑1 (MQ=255) gCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTAt > 2:2286103/1‑149 (MQ=255) gCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTAt < 1:2829039/149‑1 (MQ=255) cTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATc > 1:2290657/1‑149 (MQ=255) ttttGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGt < 2:517017/149‑1 (MQ=255) ttttGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGt > 1:3921766/1‑149 (MQ=255) ttttGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGt > 1:1681491/1‑149 (MQ=255) tttGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTa < 2:3436415/149‑1 (MQ=255) ttGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTaa > 1:666021/1‑149 (MQ=255) aTCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACgg < 1:3587507/149‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACgg > 1:2559044/1‑149 (MQ=255) aTCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACgg > 1:241148/1‑149 (MQ=255) aGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGc < 1:2677596/149‑1 (MQ=255) gTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCa > 2:1670388/1‑149 (MQ=255) tCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGt < 1:2987470/149‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGt < 2:1857839/149‑1 (MQ=255) cTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAATGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCTGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTTCCGGCAGTTgc > 2:2941713/1‑149 (MQ=255) cTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGgc < 2:1415589/149‑1 (MQ=255) aaaGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGgcgc > 2:1971170/1‑149 (MQ=255) aaGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCTGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGgcgcg > 2:2539713/1‑149 (MQ=255) aGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGgcgcgc > 1:501406/1‑149 (MQ=255) gATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCa > 1:3260119/1‑149 (MQ=255) tctcATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGa > 1:4048867/1‑149 (MQ=255) tctcATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGa > 1:2011866/1‑149 (MQ=255) tctcATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGa > 1:729458/1‑149 (MQ=255) tcATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCGGAAc > 2:952692/1‑149 (MQ=255) cATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACg > 1:1898073/1‑149 (MQ=255) aTGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGc > 2:3984873/1‑149 (MQ=255) ggATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCtg > 1:2057332/1‑149 (MQ=255) ggATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCtg > 2:2484390/1‑149 (MQ=255) | CCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTG > CP009273/3411104‑3411395 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |