Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,277,142 | C→A | 42.3% | P214Q (CCG→CAG) | kbaY → | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,277,142 | 0 | C | A | 42.3% | 222.8 / 242.9 | 222 | P214Q (CCG→CAG) | kbaY | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/60); new base A (50/44); total (118/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AACTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGG > CP009273/3276995‑3277289 | aaCTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTcc < 2:3255737/148‑1 (MQ=255) ctgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCgg > 1:382403/1‑148 (MQ=255) tgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGa > 2:2020349/1‑148 (MQ=255) ctgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGa 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tctGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGt > 1:3542870/1‑148 (MQ=255) tGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTaa < 1:1663025/148‑1 (MQ=255) tgctgcATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGa > 1:1318187/1‑148 (MQ=255) gcATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCt < 1:665004/148‑1 (MQ=255) gcATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCt < 1:3434888/148‑1 (MQ=255) tGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 2:3093194/1‑148 (MQ=255) tGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:110191/1‑148 (MQ=255) tGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 2:2657576/1‑148 (MQ=255) gCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatt < 1:3336562/148‑1 (MQ=255) cAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTtattat > 1:1694408/1‑148 (MQ=255) 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cGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:10391/148‑1 (MQ=255) | AACTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGG > CP009273/3276995‑3277289 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |