Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,312,055 | C→A | 100% | G20G (GGC→GGA) | argG → | argininosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,312,055 | 0 | C | A | 96.6% | 626.1 / 11.5 | 204 | G20G (GGC→GGA) | argG | argininosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/6); new base A (108/89); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGCAAACCTGGGCCAGCCAGACGAAGAGGATTATGATGCGATCCCTCGTCGTGCCATGGAATACGGCGCGGAGAACGC > CP009273/3311910‑3312198 | tGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTc > 2:18010/1‑148 (MQ=255) gAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCt > 2:2438898/1‑148 (MQ=255) aaaCTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTgg > 1:2202015/1‑148 (MQ=255) aaCTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGa < 1:3163576/148‑1 (MQ=255) aCTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGac > 2:2481974/1‑148 (MQ=255) cTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGaca < 1:2276037/148‑1 (MQ=255) cTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGaca > 1:1159231/1‑148 (MQ=255) cTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGaca > 2:2063637/1‑148 (MQ=255) cATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACAcc > 1:822450/1‑148 (MQ=255) atttatttTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCa < 1:363129/148‑1 (MQ=255) tttatttTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAg > 2:3118064/1‑148 (MQ=255) ttatttTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGt > 2:519572/1‑148 (MQ=255) aTAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCActg > 1:2788780/1‑148 (MQ=255) aTAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCActg > 1:2789229/1‑148 (MQ=255) aaaaaTTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCActgct > 2:836349/1‑148 (MQ=255) aaaaTTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCActgctg > 2:432100/1‑148 (MQ=255) ttCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa > 2:2897348/1‑148 (MQ=255) cAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATg < 2:261466/148‑1 (MQ=255) tGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGa < 1:2469470/148‑1 (MQ=255) 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tCTGGAGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGCAAACCTGGGCCAGCCAGACGAAGAGGATTATGATGCGATCCCTCGTCGTGCCATGGAATACGGCGCGGAGAACg > 2:25652/1‑148 (MQ=255) | AATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGCAAACCTGGGCCAGCCAGACGAAGAGGATTATGATGCGATCCCTCGTCGTGCCATGGAATACGGCGCGGAGAACGC > CP009273/3311910‑3312198 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |