Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,343,975 | C→A | 100% | noncoding (40/121 nt) | arcZ → | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,343,975 | 0 | C | A | 96.7% | 741.1 / 14.3 | 241 | noncoding (40/121 nt) | arcZ | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (132/101); total (137/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTC > CP009273/3343830‑3344119 | tttCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTcataat < 1:652395/148‑1 (MQ=255) tttCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTcataat > 2:1541187/1‑148 (MQ=255) ttCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCataata < 2:1006700/148‑1 (MQ=255) ttCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCataata < 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tGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGgc > 1:2063971/1‑148 (MQ=255) caTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCa > 1:2649862/1‑148 (MQ=255) aTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCaa > 1:3327883/1‑148 (MQ=255) ttAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAg > 1:3211385/1‑148 (MQ=255) tAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGa > 2:3131889/1‑148 (MQ=255) 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cataatAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCAtctc < 2:2888403/148‑1 (MQ=255) | TTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTC > CP009273/3343830‑3344119 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |