Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,409,856 | A→C | 100% | T489P (ACC→CCC) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,409,856 | 0 | A | C | 97.3% | 882.7 / 3.3 | 230 | T489P (ACC→CCC) | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/4); new base C (134/89); total (137/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATCCA > CP009273/3409711‑3410000 | cgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTccc < 1:2486827/148‑1 (MQ=255) cgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTccc < 2:1019282/148‑1 (MQ=255) ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGAGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAt < 1:1355710/148‑1 (MQ=255) ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGAGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAt < 1:3125186/148‑1 (MQ=255) aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtgtg > 1:1192587/1‑148 (MQ=255) aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtgtg > 2:1123039/1‑148 (MQ=255) tCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGc > 1:2195598/1‑148 (MQ=255) gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCaa < 1:346452/148‑1 (MQ=255) tGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgct > 2:218668/1‑148 (MQ=255) ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctg > 2:959538/1‑148 (MQ=255) ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctg < 1:2887372/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTCCGTTATGTGCAACgctg < 2:1822799/148‑1 (MQ=255) gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgc > 2:2534383/1‑148 (MQ=255) cTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTa < 2:1615525/148‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTaaa < 2:1893793/148‑1 (MQ=255) cGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGt > 1:501638/1‑148 (MQ=255) atttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTctct > 2:381628/1‑148 (MQ=255) atttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTctct > 2:1168215/1‑148 (MQ=255) atttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTctct > 1:1053236/1‑148 (MQ=255) atttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTctct > 1:2065464/1‑148 (MQ=255) tttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctg > 2:181472/1‑148 (MQ=255) ttCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGa < 1:144117/148‑1 (MQ=255) tCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAg < 2:1080429/148‑1 (MQ=255) tCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAg < 2:1079994/148‑1 (MQ=255) 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ttcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaa < 1:1948128/148‑1 (MQ=255) tcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGTCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaaa > 1:3251196/1‑148 (MQ=255) ttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATa < 2:2670314/148‑1 (MQ=255) ttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATa < 2:2670671/148‑1 (MQ=255) ggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCg > 2:1106036/1‑148 (MQ=255) tCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGtt < 2:754542/148‑1 (MQ=255) tCTACTGGGGCAATTGATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCTGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATTATGGCGGtt < 2:2847283/148‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttct < 1:1683516/148‑1 (MQ=255) ggggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCg < 1:3215450/148‑1 (MQ=255) ggggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCg < 1:2271236/148‑1 (MQ=255) gggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCGTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCgg > 2:1527281/1‑148 (MQ=255) ggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggt > 1:1129727/1‑148 (MQ=255) cAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCGCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggttg > 1:2098070/1‑148 (MQ=255) aTTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggttggt > 1:3313995/1‑148 (MQ=255) tATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTa < 1:2695983/148‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAAt < 1:1854157/148‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAAt > 2:240501/1‑148 (MQ=255) tCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAAt > 2:662116/1‑148 (MQ=255) ccAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATacc > 1:2370583/1‑148 (MQ=255) cAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATacca < 1:439033/148‑1 (MQ=255) ctATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGa > 1:1985071/1‑148 (MQ=255) ctATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGa < 1:1688191/148‑1 (MQ=255) tATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGAt > 1:1913731/1‑148 (MQ=255) tATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGGTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGAt < 1:2138260/148‑1 (MQ=255) aTCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATc < 1:1758510/148‑1 (MQ=255) aTCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGCTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATc < 1:3012901/148‑1 (MQ=255) tCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCa < 2:458178/148‑1 (MQ=255) tCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCa < 1:1255412/148‑1 (MQ=255) tCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCa < 1:1255453/148‑1 (MQ=255) tCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCa < 1:1390239/148‑1 (MQ=255) cACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCAt < 1:258279/148‑1 (MQ=255) cACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCAt > 2:1148765/1‑148 (MQ=255) ccATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAg < 1:2553048/148‑1 (MQ=255) cATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGc > 2:2655070/1‑148 (MQ=255) cATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGc > 1:2658039/1‑148 (MQ=255) 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aaTGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTac < 1:3176677/148‑1 (MQ=255) tGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTacac > 1:2606169/1‑148 (MQ=255) ggCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTATTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACAcc > 1:634867/1‑148 (MQ=255) gcgcTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCa > 2:3556759/1‑148 (MQ=255) gcgcTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCa > 1:386114/1‑148 (MQ=255) ctgttctgGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGt < 1:2446721/148‑1 (MQ=255) gttctgGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCg > 2:3208947/1‑148 (MQ=255) gttctgGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCg > 2:3208904/1‑148 (MQ=255) ttctgGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCgg > 2:2921413/1‑148 (MQ=255) ttctgGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCgg > 1:2877772/1‑148 (MQ=255) 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cATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCt > 2:482618/1‑148 (MQ=255) cATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCt > 2:2019521/1‑148 (MQ=255) ttGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCg > 2:2878720/1‑148 (MQ=255) ttGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCg > 2:31050/1‑148 (MQ=255) ttGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCg > 2:34548/1‑148 (MQ=255) 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cTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATCca > 2:259525/1‑148 (MQ=255) | CGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATCCA > CP009273/3409711‑3410000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |