| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,702 | T→A | 7.8% | L340Q (CTG→CAG) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,702 | 0 | T | A | 7.8% | 663.9 / 35.0 | 214 | L340Q (CTG→CAG) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (113/84); new base A (11/6); total (124/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849 | gCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTg < 1:1073771/148‑1 (MQ=255) cTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa < 1:3435969/148‑1 (MQ=255) cTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa > 2:2810892/1‑148 (MQ=255) tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGAt < 2:2328379/148‑1 (MQ=255) ggTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAAACGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATc > 2:2462036/1‑148 (MQ=255) gTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCt > 1:1719018/1‑148 (MQ=255) gTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCt > 2:371065/1‑148 (MQ=255) tAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTa > 2:2381836/1‑148 (MQ=255) aaaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTAc < 2:2095496/148‑1 (MQ=255) aaaTACCATCAACGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTAGTTCGATCTATTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGATGATCCCGCCTGGATCGGAATGACGACGGAAGGGTATGTTATCTCCGCGCAGATCTAc > 2:1454821/1‑148 (MQ=255) ccATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt > 1:1071395/1‑148 (MQ=255) ccATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 1:641117/148‑1 (MQ=255) catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttc > 1:2813674/1‑148 (MQ=255) tcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTg > 2:3256131/1‑148 (MQ=255) 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tGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCa > 1:13716/1‑148 (MQ=255) | GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |