Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 291,348 | G→A | 93.1% | intergenic (‑58/+59) | yagN ← / ← intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 291,348 | 0 | G | A | 93.1% | 686.5 / 33.5 | 216 | intergenic (‑58/+59) | yagN/intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/5); new base A (69/132); total (79/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAAC > CP009273/291203‑291491 | aTTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa > 2:116280/1‑148 (MQ=255) aTTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa < 1:1238794/148‑1 (MQ=255) aTTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa < 1:2328258/148‑1 (MQ=255) ttGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaaa > 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ttACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTg < 2:1860936/148‑1 (MQ=255) tACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGa < 2:1078086/148‑1 (MQ=255) aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGAt > 2:425206/1‑148 (MQ=255) ttGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCa < 1:518747/148‑1 (MQ=255) tGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCaa > 2:1989415/1‑148 (MQ=255) 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aGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGt < 2:903258/148‑1 (MQ=255) gCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTa < 2:1240754/148‑1 (MQ=255) ctctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTaa > 1:213727/1‑148 (MQ=255) ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAata < 1:1143291/148‑1 (MQ=255) tGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTTGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTAAGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGTTGATATTTTGTAatat > 1:1523223/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |