Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 294,929 | C→A | 100% | E573* (GAA→TAA) | paoC ← | PaoABC aldehyde oxidoreductase, Moco‑containing subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 294,929 | 0 | C | A | 97.2% | 663.2 / 8.6 | 211 | E573* (GAA→TAA) | paoC | PaoABC aldehyde oxidoreductase, Moco‑containing subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base A (109/96); total (113/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTTTTCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTCAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTCGCGAAGCTT > CP009273/294784‑295073 | gTTTTCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTaaa > 2:925884/1‑148 (MQ=255) gTTTTCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTaaa < 1:1934466/148‑1 (MQ=255) gTTTTCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTaaa > 2:1300482/1‑148 (MQ=255) ttttCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAAt > 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tCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGt > 1:3326828/1‑148 (MQ=255) ccTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAAGGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTc < 2:2192603/148‑1 (MQ=255) cTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCt < 2:874576/148‑1 (MQ=255) gcaCACTCAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTgccgc < 1:2849174/148‑1 (MQ=255) caGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGt < 2:465543/148‑1 (MQ=255) cGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGc < 2:1236316/148‑1 (MQ=255) cGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGc > 1:432155/1‑148 (MQ=255) cGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGc > 1:428730/1‑148 (MQ=255) cATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCa > 2:2926489/1‑148 (MQ=255) aCGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGt > 1:3144295/1‑148 (MQ=255) aCGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGt < 2:3123345/148‑1 (MQ=255) gACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTg < 2:2074591/148‑1 (MQ=255) aCCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTgg > 2:2330890/1‑148 (MQ=255) gAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTCAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCt < 1:549369/148‑1 (MQ=255) gAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCt < 1:1198510/148‑1 (MQ=255) gAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCt > 1:3426271/1‑148 (MQ=255) aaCTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCtt > 2:1164793/1‑148 (MQ=255) aCTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTc > 2:2849500/1‑148 (MQ=255) ttCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCgg > 1:811020/1‑148 (MQ=255) ctcCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGt > 2:1337831/1‑148 (MQ=255) ctcCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGt > 2:1239078/1‑148 (MQ=255) ctcCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGt < 2:2517452/148‑1 (MQ=255) tcCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTa < 2:1331141/148‑1 (MQ=255) tcCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTa < 1:2025433/148‑1 (MQ=255) cccGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTAc > 1:2458620/1‑148 (MQ=255) ccGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTAcc > 2:1767012/1‑148 (MQ=255) gTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCgg > 1:630599/1‑147 (MQ=255) gTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGt < 1:3187954/148‑1 (MQ=255) gTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGt < 1:2149707/148‑1 (MQ=255) gctcTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTgg < 2:2749766/145‑1 (MQ=255) 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aTGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATc > 1:3544099/1‑148 (MQ=255) aTGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATc < 2:3345320/148‑1 (MQ=255) cACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCTCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTg < 2:678361/148‑1 (MQ=255) cACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTg > 2:2217850/1‑148 (MQ=255) cACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTg < 2:1687251/148‑1 (MQ=255) gCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCg > 1:2926174/1‑148 (MQ=255) cGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTc < 2:1376905/148‑1 (MQ=255) cGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTc < 1:690950/148‑1 (MQ=255) aCCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCgg > 2:152384/1‑148 (MQ=255) ccTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGc > 1:477381/1‑148 (MQ=255) 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ttGCTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCaa < 2:3426271/148‑1 (MQ=255) cTCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCa < 1:2223877/148‑1 (MQ=255) tCAGTGTTCCGAATTCAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCAt > 2:2932752/1‑148 (MQ=255) tCAGTGTTCCGAATTCAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCAt > 2:413172/1‑148 (MQ=255) tCAGTGTTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCAt < 2:3322852/148‑1 (MQ=255) 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tgtTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTcg > 2:131664/1‑148 (MQ=255) tgtTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTcg < 2:794400/148‑1 (MQ=255) gtTCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTcgc > 2:2672600/1‑148 (MQ=255) ggtCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTcgc < 2:2055309/146‑1 (MQ=255) tCCGAATTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTATTCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTCGCGa < 1:1760512/148‑1 (MQ=255) 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aTTAAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTCGCGAAGCtt > 2:2164653/1‑148 (MQ=255) | GTTTTCGGATTCAGGATGCGTCCTGCAGCACACACAGCGAGCATACGCCGGACCCGAACTTCTCCCGTCGCGCTATGCACGCCGACCTCCACAAAATGCCCGGCAAAGGTCGACTGCTGGTACTCTTTGCTCAGTGTTCCGAATTCAATGCTCTCTTCCGCTGTCAGTCTGCCGCCTGCGGTGGCTTCATGTAGCGTGGCGCTTCGGGTACCGTTGGTAATCTTGCCGTCGGCAAACTGCGACTGCTCAGGATCAAACCCGACTGCCGAGGCAATCATTTCGCGAAGCTT > CP009273/294784‑295073 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |