| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,646,984 | G→T | 100% | pseudogene (394/483 nt) | yhiS → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,646,984 | 0 | G | T | 96.3% | 741.5 / 16.6 | 243 | pseudogene (394/483 nt) | yhiS | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/3); new base T (114/120); total (120/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTT > CP009273/3646839‑3647128 | tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaa < 1:267983/148‑1 (MQ=255)tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaa > 2:142026/1‑148 (MQ=255)tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaa > 2:1584546/1‑148 (MQ=255) aaaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa < 1:1050879/148‑1 (MQ=255) aaaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa > 2:129877/1‑148 (MQ=255) aaaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa < 2:2138256/148‑1 (MQ=255) aaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaa > 1:136404/1‑148 (MQ=255) gCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAg < 2:2311512/148‑1 (MQ=255) tACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGAtata > 1:1823706/1‑148 (MQ=255) acTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTAt < 1:207216/148‑1 (MQ=255) ctctCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATg > 2:1899957/1‑148 (MQ=255) tctcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATgg > 2:1660550/1‑148 (MQ=255) cccGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGt > 1:549670/1‑148 (MQ=255) tACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaa > 1:2709992/1‑148 (MQ=255) aTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaataga > 1:1483815/1‑148 (MQ=255) tAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 1:227397/1‑148 (MQ=255) ttCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATAcc < 1:970449/148‑1 (MQ=255) cAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCAt < 1:1292675/148‑1 (MQ=255) tGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTTACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTa < 2:755775/148‑1 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa < 1:173606/148‑1 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa > 1:520972/1‑148 (MQ=255) aGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGa < 2:1521426/148‑1 (MQ=255) aGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGa > 1:815422/1‑148 (MQ=255) aaaTGTCTTAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt < 2:2584735/148‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt < 2:883911/148‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt > 1:1000113/1‑148 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt < 2:804432/148‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt > 2:3230028/1‑148 (MQ=255) aaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAtt > 1:626168/1‑148 (MQ=255) aTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑‑AAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCg > 2:116730/1‑148 (MQ=255) gTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGc > 1:220211/1‑148 (MQ=255) tCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCt < 2:1000113/148‑1 (MQ=255) tCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCt > 1:2818546/1‑148 (MQ=255) tCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCt > 2:2110949/1‑148 (MQ=255) tGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTa < 2:2800053/148‑1 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCa > 2:2966829/1‑148 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa > 1:1563586/1‑148 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa < 1:379368/148‑1 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa > 1:3064713/1‑148 (MQ=255) atCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaaa > 1:2454242/1‑148 (MQ=255) tCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAAt > 2:33331/1‑148 (MQ=255) cAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATc < 2:3060384/148‑1 (MQ=255) ttCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt > 1:124455/1‑148 (MQ=255) aaGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCa > 1:2676283/1‑148 (MQ=255) aGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAg > 2:2563090/1‑148 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAat > 1:3351379/1‑148 (MQ=255) tttCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata > 2:1976116/1‑148 (MQ=255) ttCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAatat > 2:96624/1‑148 (MQ=255) ttCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACAAGAatat > 2:2990959/1‑148 (MQ=255) tCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAAtata < 1:217051/148‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataa < 2:2450304/148‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataa < 2:364837/148‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 1:2523189/148‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 2:2661223/148‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGATTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 1:3323166/148‑1 (MQ=255) cGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCa > 1:2896123/1‑148 (MQ=255) cGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCa < 2:835169/148‑1 (MQ=255) gaCGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataa < 2:525738/148‑1 (MQ=255) aCGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataat < 2:3140028/148‑1 (MQ=255) tAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa > 1:358537/1‑148 (MQ=255) tAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa < 2:596952/148‑1 (MQ=255) aaCCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGat < 2:1672951/148‑1 (MQ=255) aCCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatt < 1:2552378/148‑1 (MQ=255) c‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGTGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattatt > 1:3218390/1‑148 (MQ=255) c‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattatt < 1:300835/148‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGAttatta > 2:1938154/1‑148 (MQ=255) aaaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAg < 1:1584546/148‑1 (MQ=255) aaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGc > 1:265419/1‑148 (MQ=255) aaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGc > 1:3399933/1‑148 (MQ=255) aaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCa < 1:3181935/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCa < 1:2395910/148‑1 (MQ=255) tGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTTGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTta < 2:1283178/148‑1 (MQ=255) cGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg > 1:803076/1‑148 (MQ=255) cGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg > 2:2713826/1‑148 (MQ=255) cGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATAAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg > 1:1931594/1‑148 (MQ=255) gCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGa < 1:2582111/148‑1 (MQ=255) gCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGa < 2:260977/148‑1 (MQ=255) ccTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGaa > 1:1143986/1‑148 (MQ=255) tATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaa < 2:2676133/148‑1 (MQ=255) tATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaa < 2:2677711/148‑1 (MQ=255) aTTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaaa > 1:2155833/1‑148 (MQ=255) ttAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCATTTTATAATCATTGAATaaaaa < 1:2284762/148‑1 (MQ=255) tagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTAGCTTATCACATAATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGAACTTTATAATAATTGAATACAAatatat > 2:2699995/2‑148 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAt > 1:3534767/1‑148 (MQ=255) agGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 1:387898/148‑1 (MQ=255) gCCACTTCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtttt < 2:687847/148‑1 (MQ=255) gCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtttt < 2:201891/148‑1 (MQ=255) ccACTGCATAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTa < 2:3493503/148‑1 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTAt < 2:1138147/148‑1 (MQ=255) aCTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg > 2:2924815/1‑148 (MQ=255) tGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa > 2:1247922/1‑148 (MQ=255) tGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa > 2:458494/1‑148 (MQ=255) tGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa > 1:2310181/1‑148 (MQ=255) gCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTAc < 1:3209027/148‑1 (MQ=255) gCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTAc < 2:2440225/148‑1 (MQ=255) ccTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACt < 1:1673342/148‑1 (MQ=255) cTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtt < 1:260597/148‑1 (MQ=255) tAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACttt > 1:1346205/1‑148 (MQ=255) aaTTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtttt > 1:673058/1‑148 (MQ=255) aaTTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtttt > 1:906551/1‑148 (MQ=255) | TAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTT > CP009273/3646839‑3647128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |