| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,736,722 | C→A | 100% | G210G (GGC→GGA) | yiaK → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,736,722 | 0 | C | A | 97.6% | 649.1 / 5.8 | 224 | G210G (GGC→GGA) | yiaK | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base A (106/111); total (108/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGC > CP009273/3736578‑3736866 | aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTa < 2:2407005/148‑1 (MQ=255) aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTa < 1:2184373/148‑1 (MQ=255) ttccttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTAt < 1:406148/148‑1 (MQ=255) ttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgag > 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tGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGc < 1:2009728/148‑1 (MQ=255) | CATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGC > CP009273/3736578‑3736866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |