| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,786,687 | C→A | 8.6% | L119F (TTG→TTT) | yibB ← | YibB family protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,786,687 | 0 | C | A | 8.6% | 752.7 / 5.6 | 247 | L119F (TTG→TTT) | yibB | YibB family protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/106); new base A (4/27); total (114/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TTCATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTT > CP009273/3786540‑3786834 | tcatcaAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCa < 2:418909/148‑1 (MQ=255) aaTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCCTGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATATGCCTTAAGGTTACATAACAAAAAAt > 1:1003471/1‑148 (MQ=255) aaTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACAt < 2:3037800/148‑1 (MQ=255) aaTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAAAAt > 1:1681342/1‑148 (MQ=255) aTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCACCAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATATCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATa > 2:1945542/1‑148 (MQ=255) aTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATCGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATa > 2:1917828/1‑148 (MQ=255) aTGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATa < 2:3184966/148‑1 (MQ=255) tGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATAc > 1:765580/1‑148 (MQ=255) gggAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGTTAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATAct > 2:650095/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |