| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,832,308 | G→C | 12.7% | S234T (AGT→ACT) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,832,308 | 0 | G | C | 12.7% | 532.0 / 67.8 | 179 | S234T (AGT→ACT) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/89); new base C (10/13); total (77/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATT > CP009273/3832161‑3832453 | cGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAg < 2:3338139/148‑1 (MQ=255) gTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 2:988411/148‑1 (MQ=255) aCCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTATGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTAGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGGTGTCATTTTTAAGTACCTGTCATTTTGtatt > 2:2402737/1‑145 (MQ=255) gtcgtcGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTAcc < 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tGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAg < 1:30342/148‑1 (MQ=255) tGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAg < 2:840344/148‑1 (MQ=255) tGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAg < 1:2411873/148‑1 (MQ=255) ggAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGc < 2:2373977/148‑1 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCCTTGGTACGTCCCTGACCTTTAGTCTGTACCGGAAAGGAGcc > 1:3158164/1‑147 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGca > 1:3538871/1‑148 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCGGAAAGGATca > 2:2618191/1‑148 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCGGAGATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGca > 1:1980708/1‑148 (MQ=255) gTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTTGTACGTCCCTGACCTTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGcaca > 1:2886777/1‑148 (MQ=255) tATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACaa < 2:3179300/148‑1 (MQ=255) 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tGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGc < 1:3090791/148‑1 (MQ=255) gCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCgg > 2:786945/1‑148 (MQ=255) ttCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGc < 2:3092750/148‑1 (MQ=255) ttCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGc < 2:2165731/148‑1 (MQ=255) ttCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGc < 1:588109/148‑1 (MQ=255) tCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGcc < 2:427526/148‑1 (MQ=255) tCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTGTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCGGACATTTACTCTGGAACTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAAcc > 1:1895094/1‑148 (MQ=255) cTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTTTTTTGTGGTGCTTTGTAAGTCCCAGAAAATTATTGTGTAACAGAAAATAGCACAAATAATTTGGGGTGCaaaaaaaa > 1:3294154/1‑144 (MQ=255) gTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGc < 2:3059150/148‑1 (MQ=255) ttGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCCTTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAAATAATTTGGGGTCCAAAAGCCAGCa > 1:853662/1‑148 (MQ=255) 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gTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGa < 2:531978/148‑1 (MQ=255) tCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGaa > 2:3026199/1‑148 (MQ=255) cccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAAc > 1:1326337/1‑148 (MQ=255) ccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACg > 1:2685099/1‑148 (MQ=255) ccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACg < 2:3021471/148‑1 (MQ=255) cTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgc > 2:2216074/1‑148 (MQ=255) tGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgct > 1:2702147/1‑148 (MQ=255) gACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgctg < 2:3542267/148‑1 (MQ=255) aCATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgctgc > 1:2026854/1‑148 (MQ=255) aCATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgctgc > 1:1565420/1‑148 (MQ=255) tttAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGa > 2:956418/1‑148 (MQ=255) | CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATT > CP009273/3832161‑3832453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |