| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,890,960 | T→A | 100% | F32Y (TTC→TAC) | cbrB → | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 3,890,960 | 0 | T | A | 97.7% | 689.2 / 3.2 | 218 | F32Y (TTC→TAC) | cbrB | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/4); new base A (111/102); total (112/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCGCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCG > CP009273/3890815‑3891104 | cTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTACGCaa > 2:1021612/1‑148 (MQ=255) ttACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTACAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGTACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCATCTACATATTCTACGCaaa > 1:684408/1‑148 (MQ=255) ttACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTACGCaaa < 2:1470726/148‑1 (MQ=255) ttACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTACGCaaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |