Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,945,181 | G→T | 100% | pseudogene (280/663 nt) | ilvG → | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,945,181 | 0 | G | T | 96.5% | 507.7 / 9.6 | 172 | pseudogene (280/663 nt) | ilvG | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (56/110); total (59/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GATGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCGTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGTTTTTTC > CP009273/3945037‑3945325 | gATGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACACGGCGCGCGACCGAACGATACCTTTg > 2:1962897/1‑148 (MQ=255) gATGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTg < 2:1253507/148‑1 (MQ=255) aTGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGt < 1:2577121/148‑1 (MQ=255) aTGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGt < 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aGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGa < 2:3089394/148‑1 (MQ=255) gtgGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGc < 2:1667564/148‑1 (MQ=255) gtgGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGc < 2:1667557/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGctct < 1:8827/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGctct < 2:1461151/148‑1 (MQ=255) 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cacaTCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCAtgatga > 1:2605925/1‑148 (MQ=255) cacaTCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCAtgatga < 1:1317749/148‑1 (MQ=255) caTCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAAt < 1:618926/148‑1 (MQ=255) caTCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAAt < 1:618947/148‑1 (MQ=255) caTCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAAt > 1:3507183/1‑148 (MQ=255) cccACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCGTTGTCTGTATCTCCgg < 1:1678888/121‑1 (MQ=255) cccACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCGTTGTCTGTATCTCCgg > 2:1678888/1‑121 (MQ=255) cacaCTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAag > 1:2293141/1‑148 (MQ=255) cacaCTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAag < 1:1724678/148‑1 (MQ=255) acacTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAaga > 2:1552853/1‑148 (MQ=255) cacTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAagag < 1:1515534/148‑1 (MQ=255) cacTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAagag > 2:737493/1‑148 (MQ=255) cTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCt < 1:1948200/148‑1 (MQ=255) tCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTg > 1:321581/1‑148 (MQ=255) tCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTg > 1:2451202/1‑148 (MQ=255) tCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTg > 1:2450897/1‑148 (MQ=255) 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gcggTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAg < 1:3055978/148‑1 (MQ=255) gTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGa < 2:2665994/148‑1 (MQ=255) gTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGa < 2:2919951/148‑1 (MQ=255) ttGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGAt > 2:2200360/1‑148 (MQ=255) ggCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATgg < 1:1546769/148‑1 (MQ=255) caAGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGAc < 1:2705141/148‑1 (MQ=255) aaGTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACa < 1:2961766/148‑1 (MQ=255) gTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAAt < 2:3327961/148‑1 (MQ=255) gTCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAAt > 1:2275509/1‑148 (MQ=255) tCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATg < 1:1281580/148‑1 (MQ=255) tCGCGCGACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATg > 1:1936518/1‑148 (MQ=255) cgcgcgACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATgg > 2:2147493/1‑148 (MQ=255) cgcgcgACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATgg > 2:3178707/1‑148 (MQ=255) gcgcgACCGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGgc < 1:3095022/148‑1 (MQ=255) gcgcgACCGAACGATACCGTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGgc < 1:2873956/148‑1 (MQ=255) ccGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAAc < 2:2367098/148‑1 (MQ=255) ccGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAAc < 1:1570548/148‑1 (MQ=255) cGAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACt < 1:1552853/148‑1 (MQ=255) cGAACGAGACCTGTGTCTGGATCGCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAACCGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACt < 2:2587534/148‑1 (MQ=255) gAACGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTg < 2:504374/148‑1 (MQ=255) aCGATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGtt > 1:1147188/1‑148 (MQ=255) gATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGtttt > 1:2773297/1‑148 (MQ=255) gATACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGtttt < 1:528021/148‑1 (MQ=255) aTACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGttttt > 1:935609/1‑148 (MQ=255) aTACCTTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGttttt > 1:936240/1‑148 (MQ=255) | GATGTGGGGCAGCACCAGATGTGGGCTGCGCAGCACATCGCCCACACTCGCCCGGAAAATTTCATCACCTCCAGCGGTTTAGGTACCATGGGTTTTGGTTTACCGGCGGCGGTTGGCGCACAAGTCGCGCGACCGAACGATACCGTTGTCTGTATCTCCGGTGACGGCTCTTTCATGATGAATGTGCAAGAGCTGGGCACCGTAAAACGCAAGCAGTTACCGTTGAAAATCGTCTTACTCGATAACCAACGGTTAGGGATGGTTCGACAATGGCAGCAACTGTTTTTTC > CP009273/3945037‑3945325 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |