Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,024,827 | G→T | 100% | D103Y (GAT→TAT) | pepQ → | proline dipeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,024,827 | 0 | G | T | 97.3% | 554.5 / 6.3 | 182 | D103Y (GAT→TAT) | pepQ | proline dipeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base T (82/95); total (85/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAAGATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAGGGG > CP009273/4024683‑4024971 | aaTTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtgt < 1:1110318/148‑1 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg > 1:1707839/1‑148 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg > 1:3404454/1‑148 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg > 2:2985220/1‑148 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAAGATGTgg > 1:1697130/1‑148 (MQ=255) cAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGaa < 2:920940/148‑1 (MQ=255) aGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCCTTCTGGACTGAAGATGTGGAAGTg > 1:935245/1‑148 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGa < 1:2775689/148‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGa < 2:263235/148‑1 (MQ=255) gggTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATcgc > 2:1921879/1‑148 (MQ=255) gggTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATcgc > 2:1922371/1‑148 (MQ=255) gTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCgcgc < 1:3284967/148‑1 (MQ=255) gCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTg < 2:1248610/148‑1 (MQ=255) gTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGAGCTGCCGa > 2:2484824/1‑148 (MQ=255) aCTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAg > 1:911266/1‑148 (MQ=255) cTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGc > 1:3248333/1‑148 (MQ=255) cTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGc < 1:3279356/148‑1 (MQ=255) cAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCg > 2:268046/1‑148 (MQ=255) cAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCg > 1:2049274/1‑148 (MQ=255) cAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCg > 1:2048757/1‑148 (MQ=255) cAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCg > 1:629664/1‑148 (MQ=255) aGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGa < 2:1292197/148‑1 (MQ=255) gCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGc < 1:2373249/148‑1 (MQ=255) cAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCAt < 1:2955047/148‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATg > 1:1356623/1‑141 (MQ=255) ctgctgGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGt < 2:1170350/148‑1 (MQ=255) gctggttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAg > 1:982085/1‑148 (MQ=255) ctggttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgc < 1:1634298/148‑1 (MQ=255) tggttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcc < 1:2411661/148‑1 (MQ=255) tggttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcc < 1:558026/148‑1 (MQ=255) gttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctg < 1:1242853/148‑1 (MQ=255) gtggATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctgctgcctg > 1:390030/1‑148 (MQ=255) gATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGcctgctgcctgctg > 2:589069/1‑148 (MQ=255) aTGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCctgctgcctgctgc > 2:1718457/1‑148 (MQ=255) tGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcg < 2:1256938/148‑1 (MQ=255) tGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcg < 2:1690286/148‑1 (MQ=255) ggCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcgc > 2:1192241/1‑148 (MQ=255) gCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcgcg < 2:1391485/148‑1 (MQ=255) gCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcgcg > 1:1758635/1‑148 (MQ=255) gCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcgcg < 2:3436166/148‑1 (MQ=255) gAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGc > 1:3110853/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCa > 2:3196523/1‑148 (MQ=255) aaGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAata < 1:150816/148‑1 (MQ=255) aGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAatat < 1:786693/148‑1 (MQ=255) gCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATc > 1:2127537/1‑148 (MQ=255) gAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGt > 1:2636128/1‑148 (MQ=255) aaaCTGTGGTTCTCTCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGtt < 2:1113452/148‑1 (MQ=255) aCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTtat > 2:716677/1‑148 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 2:2230339/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 2:2048872/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 2:629572/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 2:2048719/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 1:1218777/148‑1 (MQ=255) ggTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCgg > 2:977252/1‑148 (MQ=255) ggTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCgg > 2:977263/1‑148 (MQ=255) gTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGt < 1:103484/148‑1 (MQ=255) ttCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTc > 1:1747128/1‑148 (MQ=255) tCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTcc > 2:1893209/1‑148 (MQ=255) cTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCg < 2:3054596/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |