Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,045,302 | G→T | 100% | intergenic (+86/‑103) | yihI → / → hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,045,302 | 0 | G | T | 96.1% | 539.2 / 12.2 | 180 | intergenic (+86/‑103) | yihI/hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base T (93/80); total (97/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAG > CP009273/4045157‑4045446 | gaagaaGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGt < 2:380106/148‑1 (MQ=255) agaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTg < 2:1927990/148‑1 (MQ=255) gaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCtgttgt > 2:743738/1‑148 (MQ=255) gaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCtgttgt > 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gaagaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGAc > 2:519437/1‑148 (MQ=255) aagaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACa > 2:1837143/1‑148 (MQ=255) gaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaca > 2:2588630/1‑146 (MQ=255) cGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAg < 2:450458/148‑1 (MQ=255) gagaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGt < 1:2356165/148‑1 (MQ=255) gagaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGt < 1:1309837/148‑1 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg > 1:2662169/1‑148 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg > 2:2669813/1‑148 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg < 2:784029/148‑1 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg > 2:381819/1‑148 (MQ=255) aagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCaa > 2:2227850/1‑148 (MQ=255) aagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCaa < 1:3267726/148‑1 (MQ=255) cATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCgg > 1:3401821/1‑148 (MQ=255) atgatgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGc > 1:164523/1‑148 (MQ=255) atgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtga < 1:1376976/148‑1 (MQ=255) 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tCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTGCAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCAt > 1:932168/1‑148 (MQ=255) tCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCAt > 2:3501941/1‑148 (MQ=255) tCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCAt > 1:2709096/1‑148 (MQ=255) ctgATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGa > 1:1111545/1‑148 (MQ=255) ctgATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGa < 1:3197331/148‑1 (MQ=255) 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atGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTAc > 1:2543758/1‑148 (MQ=255) tGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGGGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACa < 1:3546052/148‑1 (MQ=255) aTCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCaa > 1:2000769/1‑148 (MQ=255) cTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAAt < 1:3009210/148‑1 (MQ=255) cTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAAt > 2:381247/1‑148 (MQ=255) cTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCAGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAAt < 1:1124828/148‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCg > 2:1545600/1‑148 (MQ=255) tgtgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGAc < 2:1765677/148‑1 (MQ=255) ggTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTgg > 2:707887/1‑148 (MQ=255) ggTTATTCGTTAAACTACAGCTGGTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTgg < 2:2604759/148‑1 (MQ=255) 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gTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGc > 2:3118230/1‑148 (MQ=255) ttAAACTCCAGCTGTGGTCGCGGCGACAAACGGGGCTGCGCAACCGGCTCATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGCGACGCCATCGGACGGAGTGAGCATGTCTGTACAGAAAATCGACTGGGATCTGGcc < 1:688488/148‑1 (MQ=255) ttAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGcc < 2:2509642/148‑1 (MQ=255) ttAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGcc > 2:137404/1‑148 (MQ=255) atAAACTACAGCTGGTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGcc < 2:618243/147‑1 (MQ=255) tAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGccc > 1:3114856/1‑148 (MQ=255) aaCTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACTCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGGACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTg < 2:1906039/148‑1 (MQ=255) aaCTACAGCTGTTGTCGCGGCGAAAAATGTGGCTGCGCAACCGGATTATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCAATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTg < 1:871657/148‑1 (MQ=255) cTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGAt > 1:1075653/1‑148 (MQ=255) tACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATc > 2:1847449/1‑148 (MQ=255) aGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAg > 2:1896098/1‑148 (MQ=255) | GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAG > CP009273/4045157‑4045446 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |