| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 325,740 | G→T | 5.9% | P189P (CCG→CCT) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 325,740 | 0 | G | T | 5.9% | 729.2 / 13.4 | 194 | P189P (CCG→CCT) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/96); new base T (5/7); total (91/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATC > CP009273/325593‑325887 | cTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTACCCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCg < 2:3538891/148‑1 (MQ=255) ggACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGAt < 2:1206243/148‑1 (MQ=255) ggACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGAt > 2:2659577/1‑148 (MQ=255) ggACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGAt > 1:3505380/1‑148 (MQ=255) gACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATa < 2:3116112/148‑1 (MQ=255) cGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAgg < 1:2180228/148‑1 (MQ=255) cTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTg > 1:3452793/1‑148 (MQ=255) aCGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGa > 2:2382284/1‑148 (MQ=255) cGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGat < 1:2348824/148‑1 (MQ=255) cGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGat < 2:3283699/148‑1 (MQ=255) gCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGatat < 1:3151175/148‑1 (MQ=255) aCCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGACATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAg > 2:2603355/1‑148 (MQ=255) ggCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCgg < 2:434942/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTg < 2:2713860/148‑1 (MQ=255) 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tCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCg > 1:88558/1‑148 (MQ=255) aTGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCa < 2:2558785/148‑1 (MQ=255) tGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCAc < 1:1783021/148‑1 (MQ=255) tGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTAAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCAc > 2:169555/1‑148 (MQ=255) tGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATc < 1:1231062/148‑1 (MQ=255) 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ggCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACt > 1:2595110/1‑148 (MQ=255) gcgcTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTa < 2:2665902/148‑1 (MQ=255) gcTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACg < 1:132099/148‑1 (MQ=255) cGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTc > 2:1830135/1‑148 (MQ=255) gATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCgg > 1:2296272/1‑148 (MQ=255) 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cTCACCCTCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCt < 2:1872043/148‑1 (MQ=255) cACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTGCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTg > 2:1931995/1‑148 (MQ=255) aCCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGa > 1:2742116/1‑148 (MQ=255) cATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGc > 1:969273/1‑148 (MQ=255) cATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGc > 2:2858147/1‑148 (MQ=255) 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cTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTg < 1:1475646/148‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGt < 2:3146597/148‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGt < 2:1881257/148‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGt < 2:1418341/148‑1 (MQ=255) cgcTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGa < 2:3191051/148‑1 (MQ=255) 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ttCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGa > 1:2424193/1‑148 (MQ=255) tCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGAt > 1:26154/1‑148 (MQ=255) gggaaaCGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATgg < 2:2093061/145‑1 (MQ=255) aaCGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATggcggc > 2:3352538/1‑148 (MQ=255) aCGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGTCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGgcggcg > 2:88451/1‑148 (MQ=255) 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gATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATc > 2:3101244/1‑148 (MQ=255) | CTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATC > CP009273/325593‑325887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |