| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,272,274 | G→T | 6.1% | L244I (CTT→ATT) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,272,274 | 0 | G | T | 6.1% | 842.6 / 20.1 | 236 | L244I (CTT→ATT) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/129); new base T (9/6); total (101/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
ACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTCATTGTTGCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGTTCCGTCAGTCATTTTTATCTGAGCGAAATTTGAGTCATCGAGAATACAATTATCAAAAAGTATTTTTT > CP009273/4272129‑4272420 | cacGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaa < 2:780077/148‑1 (MQ=255) cacGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaa > 2:1251134/1‑148 (MQ=255) acGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaag < 2:1026165/148‑1 (MQ=255) acGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaag < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |