Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,300,713 | 0 | A | T | 6.0% | 769.0 / 27.2 | 247 | Y29N (TAT→AAT) | alsA | fused D‑allose transporter subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (125/107); new base T (6/9); total (131/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGTAATGCATGTATTTCACCAGGATAAACCGTTAAATTAACCGACTTTAATGCGTGAACCGGACCAAAGGACTTGCCGATCCCCGCCATCGATATATATGGCGTGGCCATAAATAACCTCTCTGCACGAAATATCGTATTATTGCCTGATGGCTACATTTATCAGGTCTAC > CP009273/4300566‑4300858 | cGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGTAATGCATGTATTTCACCAGGATaa < 1:3317176/148‑1 (MQ=255) cGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGTAATGCATGTATTTCACCAGGATaa < 1:1555358/148‑1 (MQ=255) aaTTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGTAATGCATGTATTTCACCAGGATAAACCg < 1:2819423/148‑1 (MQ=255) aTTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGTAATGCATGTATTTCACCAGGATAAACCGt 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |