| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,358,390 | A→C | 100% | intergenic (‑246/‑91) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,358,390 | 0 | A | C | 96.6% | 811.7 / 5.1 | 213 | intergenic (‑246/‑91) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/6); new base C (84/121); total (86/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATC > CP009273/4358245‑4358537 | gAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAt < 2:3444437/148‑1 (MQ=255) aCCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTg < 2:778627/148‑1 (MQ=255) aCCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTg < 1:323228/148‑1 (MQ=255) aCCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |