Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,427,647 | G→A | 100% | D42N (GAT→AAT) | ytfI → | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,427,647 | 0 | G | A | 96.5% | 913.1 / 17.6 | 284 | D42N (GAT→AAT) | ytfI | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/6); new base A (123/151); total (127/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCC > CP009273/4427502‑4427791 | ccAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAAt > 1:2073657/1‑148 (MQ=255) cAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAACGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAAtt > 2:1838498/1‑148 (MQ=255) aataaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTgg < 1:2819534/148‑1 (MQ=255) aataaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTgg < 1:2656386/148‑1 (MQ=255) ataaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGa > 1:343936/1‑148 (MQ=255) taaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATCGGAt < 2:1133579/148‑1 (MQ=255) aaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGAtt < 1:2494492/148‑1 (MQ=255) ataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCg > 2:293883/1‑148 (MQ=255) taaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGa > 2:901344/1‑148 (MQ=255) taaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGa < 2:882282/148‑1 (MQ=255) ttGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTAt > 1:427743/1‑148 (MQ=255) ttGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTAt > 1:3138249/1‑148 (MQ=255) tGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCACACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATg < 2:24132/148‑1 (MQ=255) gTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAAACCCCCCCGGGTTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGa < 2:3387766/148‑1 (MQ=255) atatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAg > 1:573823/1‑148 (MQ=255) tatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATGTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGc < 1:636040/148‑1 (MQ=255) atGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGcc < 2:304344/148‑1 (MQ=255) tGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAAATTGGTTTGCGAATAATGATAGcc > 1:324913/1‑148 (MQ=255) gTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGTATTATGATAGCCTg > 1:392100/1‑148 (MQ=255) gTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTg < 2:757070/148‑1 (MQ=255) gTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTg < 2:505441/148‑1 (MQ=255) ttACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGt > 1:51582/1‑148 (MQ=255) tACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGtt > 1:2144075/1‑148 (MQ=255) aCCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTa < 1:791025/148‑1 (MQ=255) aCCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTa > 2:2072867/1‑148 (MQ=255) cccAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTaa < 2:1939223/148‑1 (MQ=255) aGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACtt < 1:1447149/148‑1 (MQ=255) aGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACtt < 2:14582/148‑1 (MQ=255) gATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTg > 2:3240613/1‑148 (MQ=255) cAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAgg > 1:1279199/1‑148 (MQ=255) aGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAggg < 2:616241/148‑1 (MQ=255) aGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAggg < 1:1530953/148‑1 (MQ=255) gACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATg > 2:1887291/1‑126 (MQ=255) acacAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAg < 1:1836482/148‑1 (MQ=255) cacaATAATGTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGt < 2:2905031/148‑1 (MQ=255) caATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTc > 2:530505/1‑148 (MQ=255) aataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCt < 2:1105256/148‑1 (MQ=255) aataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCt > 2:3405680/1‑148 (MQ=255) ataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCtt > 1:2378530/1‑148 (MQ=255) aatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTc > 1:1325147/1‑148 (MQ=255) ttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAATAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTg > 2:2238097/1‑148 (MQ=255) tGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACt > 1:3370816/1‑148 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGa < 2:2055383/148‑1 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAt < 1:171569/148‑1 (MQ=255) gAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg > 1:2788423/1‑148 (MQ=255) gTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGAt > 2:1192677/1‑148 (MQ=255) tATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaa > 2:3353937/1‑148 (MQ=255) aTTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaa < 1:72504/148‑1 (MQ=255) ttGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAg > 2:1775032/1‑148 (MQ=255) gTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGATTAATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAACAGTg < 1:3489951/148‑1 (MQ=255) gTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTg < 1:2421237/148‑1 (MQ=255) tAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTgg < 1:2132597/148‑1 (MQ=255) aaaGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGt < 1:214920/148‑1 (MQ=255) tCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATc < 1:293883/148‑1 (MQ=255) cTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATATCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCa > 1:3034021/1‑148 (MQ=255) cTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCa < 2:2378530/148‑1 (MQ=255) gTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTg < 2:277406/148‑1 (MQ=255) gTATACAAAAACACATTCAAAAAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTg < 2:271255/148‑1 (MQ=255) tataCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGc < 1:876607/148‑1 (MQ=255) aCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCttt < 2:2590033/148‑1 (MQ=255) aaaaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtca < 1:2223254/148‑1 (MQ=255) aaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtcatc > 1:3332568/1‑148 (MQ=255) acacATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaa > 1:2722023/1‑148 (MQ=255) cacaTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaa < 1:978169/148‑1 (MQ=255) cacaTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaa < 1:405180/148‑1 (MQ=255) aaaCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGaa < 2:1629274/148‑1 (MQ=255) aaaCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGaa > 1:2618530/1‑148 (MQ=255) aCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAAc > 1:1091007/1‑148 (MQ=255) aCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAAc > 2:1018691/1‑148 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTg < 1:922194/148‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTg < 1:2294856/148‑1 (MQ=255) ttttttAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCCTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTc > 2:2256212/1‑148 (MQ=255) acaacaTCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCAt > 2:1056698/1‑148 (MQ=255) caacaTCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATg > 1:1005356/1‑148 (MQ=255) caacaTCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATg > 1:2019489/1‑148 (MQ=255) acaTCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGa > 1:1409325/1‑148 (MQ=255) acaTCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGa < 2:2926023/148‑1 (MQ=255) catccatcATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGAt > 2:3081873/1‑148 (MQ=255) catccatcATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAGAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGAt < 2:343936/148‑1 (MQ=255) tccatcATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATaa < 2:2434563/148‑1 (MQ=255) tccatcATGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATaa < 2:2793259/148‑1 (MQ=255) tcatGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGttt < 1:1044587/148‑1 (MQ=255) catGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTc < 2:878929/148‑1 (MQ=255) atGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCt < 2:3284744/148‑1 (MQ=255) tGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt < 2:2144064/148‑1 (MQ=255) tGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt > 1:1624764/1‑148 (MQ=255) tGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt > 1:1965425/1‑148 (MQ=255) tGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt < 1:2834484/148‑1 (MQ=255) tGCATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt < 2:352685/148‑1 (MQ=255) cATTTAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTAt < 2:1279199/148‑1 (MQ=255) tttAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCa > 2:1393939/1‑148 (MQ=255) tttAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCa < 2:2517552/148‑1 (MQ=255) ttAAG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAg > 2:933724/1‑148 (MQ=255) aaG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt < 1:684556/148‑1 (MQ=255) aaG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt < 1:355704/148‑1 (MQ=255) aaG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt < 2:1539276/148‑1 (MQ=255) aaG‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt > 2:3137027/1‑148 (MQ=255) aG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGttt < 2:1809421/148‑1 (MQ=255) g‑AAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTc < 1:2957468/148‑1 (MQ=255) aaaaATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGcc > 1:1912117/1‑148 (MQ=255) | CCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAG‑AAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCC > CP009273/4427502‑4427791 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |