| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,465,936 | T→A | 100% | L228* (TTA→TAA) | yjgL → | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,465,936 | 0 | T | A | 95.6% | 868.2 / 22.0 | 272 | L228* (TTA→TAA) | yjgL | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/5); new base A (143/117); total (150/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
AAGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGATTACGGGTTT > CP009273/4465791‑4466080 | aaGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTaaa < 2:1196243/148‑1 (MQ=255)aaGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTaaa < 1:25991/148‑1 (MQ=255)aaGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTaaa < 2:3418227/148‑1 (MQ=255)aaGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTaaa > 2:374191/1‑148 (MQ=255) aaaTAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGa < 2:2098385/148‑1 (MQ=255) aTAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGAtt > 1:2852928/1‑148 (MQ=255) cgcgTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCa > 2:2716194/1‑148 (MQ=255) gTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGa > 2:460770/1‑148 (MQ=255) cTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGt > 1:2743985/1‑148 (MQ=255) tATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGtt > 1:1336141/1‑148 (MQ=255) aTTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTa > 1:1547091/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTaa > 1:2776748/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTaa > 1:2776443/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTaa < 1:3493633/148‑1 (MQ=255) tAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTaaa < 1:1153563/148‑1 (MQ=255) tAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTaaa > 1:572792/1‑148 (MQ=255) aaaTAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAAt > 1:190227/1‑148 (MQ=255) aataataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATa > 1:1558005/1‑148 (MQ=255) ataataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATaa > 2:2412434/1‑148 (MQ=255) ataataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATaa < 2:928033/148‑1 (MQ=255) ataataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATaa > 1:2047610/1‑148 (MQ=255) aataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACt < 2:3178387/148‑1 (MQ=255) aataatCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACt > 1:1395472/1‑148 (MQ=255) atCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCa > 1:941533/1‑148 (MQ=255) atCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAAACTAAAGAAGTTAAATAATATACTGAAGATAAATAATATACAGGTGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCACAAATTAAATGATTATAATGAGTTAAATAACTCGCa > 1:3552450/1‑148 (MQ=255) cAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAgg < 2:687067/148‑1 (MQ=255) cAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAgg > 2:1868846/1‑148 (MQ=255) ggAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGaa > 1:3031765/1‑148 (MQ=255) gAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAAt < 1:1632535/148‑1 (MQ=255) gAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAAt > 2:716023/1‑148 (MQ=255) gAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAAt > 2:804008/1‑148 (MQ=255) aGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAAtt > 1:425091/1‑148 (MQ=255) aGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAAtt > 2:24276/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTaa > 2:1275725/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTaa > 1:1507843/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTaa > 2:1276067/1‑148 (MQ=255) tAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTaaa > 2:1857434/1‑148 (MQ=255) tAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTaaa > 1:3323021/1‑148 (MQ=255) aaaTAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAAt < 2:1144089/148‑1 (MQ=255) aataatCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATa > 1:1812117/1‑148 (MQ=255) ataatCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAg < 1:3058237/148‑1 (MQ=255) taatCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGt > 2:1917833/1‑148 (MQ=255) taatCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGt > 2:3211112/1‑148 (MQ=255) cTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCcac < 1:322461/148‑1 (MQ=255) aCAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAg > 1:2925576/1‑148 (MQ=255) aTTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCATGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTa > 1:300467/1‑148 (MQ=255) aTTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTa > 1:3186928/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTaa < 2:1509328/148‑1 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTaa < 1:2897582/148‑1 (MQ=255) ttAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTaa < 1:2415850/148‑1 (MQ=255) aaaTAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAAt < 1:827455/148‑1 (MQ=255) aaaTAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAAt < 1:369593/148‑1 (MQ=255) taatCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGAt < 2:2670550/148‑1 (MQ=255) taatCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGAt < 2:2250248/148‑1 (MQ=255) aatCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATc > 1:2137051/1‑148 (MQ=255) tCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCg > 1:1033202/1‑148 (MQ=255) tCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCg > 1:1958320/1‑148 (MQ=255) tCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCg > 1:2412302/1‑148 (MQ=255) tACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCa < 2:877954/148‑1 (MQ=255) aGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGa > 2:3015212/1‑148 (MQ=255) aaaTAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAaat < 2:529701/148‑1 (MQ=255) aataatCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAaata < 2:2776748/148‑1 (MQ=255) ataatCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAaataa < 1:2930477/148‑1 (MQ=255) cTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATtctc < 2:2852977/148‑1 (MQ=255) cTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATtctc < 2:2841100/148‑1 (MQ=255) tACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCa < 1:3095454/148‑1 (MQ=255) aCTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAg < 1:2510173/148‑1 (MQ=255) tGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGa < 2:1032114/148‑1 (MQ=255) tGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGa > 2:3398387/1‑148 (MQ=255) gAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGAc < 1:3024722/148‑1 (MQ=255) aaaTAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAAt < 2:597423/148‑1 (MQ=255) taataTACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAAc > 2:1784188/1‑148 (MQ=255) atatACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAActc < 1:1251034/148‑1 (MQ=255) atatACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAActc < 2:2505562/148‑1 (MQ=255) tataCAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAActct > 2:2775543/1‑148 (MQ=255) tataCAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAActct > 2:3470058/1‑148 (MQ=255) aCAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAg < 2:2624299/148‑1 (MQ=255) aCAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAg < 1:1857434/148‑1 (MQ=255) cAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAgg < 2:3548548/148‑1 (MQ=255) aGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCTACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGt > 1:1022668/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGtt > 1:1093148/1‑148 (MQ=255) ataatCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTAc > 2:2201837/1‑148 (MQ=255) atCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGt < 1:3464841/148‑1 (MQ=255) atCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGt < 1:2668181/148‑1 (MQ=255) tCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGtt > 1:2274972/1‑148 (MQ=255) ccTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGttt > 2:2972241/1‑148 (MQ=255) cgcAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTc > 2:1953948/3‑148 (MQ=255) tCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCa > 1:891709/1‑148 (MQ=255) gAGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTg < 1:1188372/148‑1 (MQ=255) aGTTAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGa < 1:460770/148‑1 (MQ=255) ttAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGAtt > 1:782031/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGAtt > 1:3140011/1‑148 (MQ=255) tAAATAATCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTc < 1:338149/148‑1 (MQ=255) ataatCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTAc > 2:2805742/1‑148 (MQ=255) ataatCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTAc > 2:615596/1‑148 (MQ=255) taatCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACg > 1:696940/1‑148 (MQ=255) atCCGCAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGAt > 2:560026/1‑148 (MQ=255) tcAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGATTACg < 2:1094571/147‑1 (MQ=255) cAGAATTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGATTACgg > 2:2349809/1‑148 (MQ=255) aTTAAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGATTACGGGttt < 2:1447161/148‑1 (MQ=255) | AAGAAAATAGCGCGTCTATTAAATAATAATCAGGAGTTAAATAATCTACAGAAATTAAATAATCTACAGAAGTTAAATAATCTACTGAAGTTAAATAATATACAGGGGTTAAATAATCCTCAGGAGTTAAATAATCCGCAGAATTTAAATGATTCTCAGGAGTTAAATAACTCGCAGGAATTAAATAGTCCACAGGAGTTAAATGATCCGCAGGAGTTAAATAATTCTCAGGACTTAAATAACTCTAAGGTGAGTTGTACAGTTTCAGTTGATTCTACGATTACGGGTTT > CP009273/4465791‑4466080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |