Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 42,150 | G→A | 100% | intergenic (‑219/‑253) | caiT ← / → fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 42,150 | 0 | G | A | 95.6% | 861.8 / 20.4 | 268 | intergenic (‑219/‑253) | caiT/fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/3); new base A (124/132); total (133/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.34e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
AATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACA > CP009273/42005‑42295 | aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 2:1603752/1‑148 (MQ=255) aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATAct > 2:1935550/1‑148 (MQ=255) attattattAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGctc < 1:1201317/148‑1 (MQ=255) attattattAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActc < 1:532238/148‑1 (MQ=255) ttattattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActct < 2:1324984/148‑1 (MQ=255) tattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATAGTCtgttg > 1:2572352/1‑148 (MQ=255) tattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg > 2:2322584/1‑148 (MQ=255) tattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg > 1:3166287/1‑148 (MQ=255) ttaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACNTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTtgtg > 1:1802439/1‑148 (MQ=255) ttaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTtgtg > 1:3083010/1‑148 (MQ=255) taACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGa > 2:1527104/1‑148 (MQ=255) aaCCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAg < 2:3556343/148‑1 (MQ=255) ccTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTa > 1:3360275/1‑148 (MQ=255) ccTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTa > 2:788097/1‑148 (MQ=255) cTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATAATCTGTTGTGAGTaa > 1:2986898/1‑148 (MQ=255) tGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTaaaaaa > 1:2659934/1‑148 (MQ=255) ggACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAAt > 1:2886903/1‑148 (MQ=255) ggACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAAt > 1:2820388/1‑148 (MQ=255) aCGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATaa > 1:1911716/1‑148 (MQ=255) aCGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGAGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATaa < 2:671309/148‑1 (MQ=255) gTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATc < 1:207552/148‑1 (MQ=255) ttAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCt > 2:965328/1‑148 (MQ=255) tAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTg > 2:1777087/1‑148 (MQ=255) aaTGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGa < 2:321672/148‑1 (MQ=255) aTGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:3050507/1‑148 (MQ=255) tGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACt < 2:1500312/148‑1 (MQ=255) gCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACttt > 2:1312014/1‑148 (MQ=255) tAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCa < 1:1603752/148‑1 (MQ=255) cTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAata > 2:3406081/1‑148 (MQ=255) tCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAatat > 2:3222350/1‑148 (MQ=255) cATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATAtt > 2:2030232/1‑148 (MQ=255) cATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACA‑TTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTg < 1:335419/148‑1 (MQ=255) aTGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTg > 1:1846418/1‑148 (MQ=255) aTTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCAt > 2:399171/1‑148 (MQ=255) 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aaGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACaa > 2:694113/1‑148 (MQ=255) aGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAat < 1:681598/148‑1 (MQ=255) gCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAata > 1:1561118/1‑148 (MQ=255) cTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAAt < 2:2859600/148‑1 (MQ=255) cTGTGATGGGTATCACATGTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTTATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAAt < 1:3148566/148‑1 (MQ=255) 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tttttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTaa > 1:2795783/1‑148 (MQ=255) tttttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTaa < 1:2002338/148‑1 (MQ=255) ttttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTTTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAAc < 2:1246033/148‑1 (MQ=255) tttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACa > 2:335856/1‑148 (MQ=255) tttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACa < 1:694113/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |