| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,487,509 | G→T | 6.2% | pseudogene (1018/1266 nt) | intB → | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,487,509 | 0 | G | T | 6.2% | 853.2 / 19.7 | 225 | pseudogene (1018/1266 nt) | intB | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/84); new base T (6/8); total (133/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CTTGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGC > CP009273/4487362‑4487656 | ttGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTgg > 1:3501887/1‑148 (MQ=255) ttGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTgg > 1:1317933/1‑148 (MQ=255) tGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGt < 1:420001/148‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTc < 2:3374615/148‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGAGTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTc < 1:2502954/148‑1 (MQ=255) aTTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATg > 2:1500532/1‑148 (MQ=255) ttttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATgg > 1:3122449/1‑148 (MQ=255) ttttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATgg > 1:3319445/1‑148 (MQ=255) tttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGc > 2:2491757/1‑148 (MQ=255) ttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCt > 2:1691826/1‑148 (MQ=255) tAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCtt < 2:3185160/148‑1 (MQ=255) aaaGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCttt > 2:2255585/1‑148 (MQ=255) aGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCg > 1:887271/1‑148 (MQ=255) aGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCg > 1:2701755/1‑148 (MQ=255) gCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGa > 1:3370361/1‑148 (MQ=255) aTAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACaa < 2:2701755/148‑1 (MQ=255) aTAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACaa > 1:3211363/1‑148 (MQ=255) aTAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACaa < 2:536399/148‑1 (MQ=255) aTAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTGGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACaa > 1:3425033/1‑148 (MQ=255) tAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTCTGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAAt > 2:3095242/1‑148 (MQ=255) tAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAAt > 1:2863860/1‑148 (MQ=255) aaaaCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATg > 1:2404410/1‑148 (MQ=255) aCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGcc > 1:3466076/1‑148 (MQ=255) aCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGcc > 1:1594478/1‑148 (MQ=255) gTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGt < 1:2788691/148‑1 (MQ=255) tttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAg > 2:2352314/1‑148 (MQ=255) tttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAg > 1:2005965/1‑148 (MQ=255) tttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAg < 2:1114568/148‑1 (MQ=255) tATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGtt > 2:133996/1‑148 (MQ=255) tGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCa < 2:2624911/148‑1 (MQ=255) gCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTgg > 1:3240595/1‑148 (MQ=255) ccATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTc > 2:158182/1‑148 (MQ=255) aTGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGa > 1:2137602/1‑148 (MQ=255) aTGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGa < 1:3285640/148‑1 (MQ=255) aTGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGa < 1:578546/148‑1 (MQ=255) aTGACTTGATATTTATTGGTGATCACGAGTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGa < 2:2800643/148‑1 (MQ=255) tgtgttcatatTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAAAACGGTAAATAGTGCGTTACGGCTAATGGGGTATGATAAAAAAGTAGAGGTTTGTGTACATGGCATTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGaa > 2:740484/8‑148 (MQ=255) tGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGaa > 2:1254812/1‑148 (MQ=255) ttGATATTTAGTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAg < 2:924522/148‑1 (MQ=255) gATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGt < 1:930342/148‑1 (MQ=255) gATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGt < 1:1659870/148‑1 (MQ=255) atttattGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCtg > 2:1871077/1‑148 (MQ=255) ttGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACACAAGGAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGtc > 2:525934/1‑148 (MQ=255) ttGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGtc > 2:2784748/1‑148 (MQ=255) tGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGtct < 1:993949/148‑1 (MQ=255) aTCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGa < 2:3326841/148‑1 (MQ=255) tCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGAt > 1:2396171/1‑148 (MQ=255) gATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTg < 1:1760442/148‑1 (MQ=255) ttCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGtt > 2:1191211/1‑148 (MQ=255) ttCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGtt > 2:1159391/1‑148 (MQ=255) ttCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGtt > 1:3098061/1‑148 (MQ=255) tCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTg > 2:325117/1‑148 (MQ=255) cGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGa < 1:3535684/148‑1 (MQ=255) caAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGt < 2:870670/148‑1 (MQ=255) caAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGt > 1:980443/1‑148 (MQ=255) aaCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCa > 2:549298/1‑148 (MQ=255) aaCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCa > 2:1272142/1‑148 (MQ=255) cccATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGa > 1:1510440/1‑148 (MQ=255) cccATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGa < 1:351061/148‑1 (MQ=255) ccATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGAt < 1:1787814/148‑1 (MQ=255) cATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATg > 2:1833953/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc > 2:603175/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc > 2:1839365/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc > 1:367606/1‑148 (MQ=255) tgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcac > 2:1114794/1‑148 (MQ=255) gaATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATg > 1:217710/1‑148 (MQ=255) gaATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGAGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATg < 2:2919251/148‑1 (MQ=255) aaTACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATgg > 2:1193101/1‑148 (MQ=255) aTACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGgc > 1:1164445/1‑148 (MQ=255) tACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGgcg > 2:2293282/1‑148 (MQ=255) tAGTTCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa > 1:297690/1‑148 (MQ=255) tAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa > 1:2641052/1‑148 (MQ=255) tAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa < 2:2030529/148‑1 (MQ=255) gCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGa > 1:1744108/1‑148 (MQ=255) tACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGc > 2:483116/1‑148 (MQ=255) aCGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGcc < 1:18916/148‑1 (MQ=255) gggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgc > 2:2781578/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgcg > 1:876262/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgcg < 1:3236224/148‑1 (MQ=255) tCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGta > 2:2178163/1‑148 (MQ=255) aTGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGtata < 2:474123/148‑1 (MQ=255) aTGGGGTATGATACAAAAGGAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGtata < 2:1972813/148‑1 (MQ=255) ggggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATc > 1:3184976/1‑148 (MQ=255) gggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATcc > 1:1425348/1‑148 (MQ=255) gggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATcc < 2:3211363/148‑1 (MQ=255) ggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCa < 2:2366605/148‑1 (MQ=255) ggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCa > 1:1897546/1‑148 (MQ=255) gATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAg > 2:2842527/1‑148 (MQ=255) aaaCAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATAAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCAACAAGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGc > 2:2987309/3‑148 (MQ=255) tACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCa > 1:438485/1‑148 (MQ=255) aCAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCag < 2:372046/148‑1 (MQ=255) aaaGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGc < 1:2352314/148‑1 (MQ=255) aaaGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAATCAGAGc > 1:2687533/1‑148 (MQ=255) agagGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTg > 1:1027793/1‑148 (MQ=255) agagGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTg > 1:1068984/1‑148 (MQ=255) ggTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGgaa > 2:176749/1‑148 (MQ=255) tttGTGGTCATTGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCTTTGGTCGAATCAGGTGTGTGGTGTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGGCGCGTATATGCATAAAGCAGAGAATCTGgtaga < 2:2216395/148‑1 (MQ=255) ttGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGgaagaa < 1:1408832/148‑1 (MQ=255) gtgGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACg < 1:3095242/148‑1 (MQ=255) tgGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACgg > 2:2552877/1‑148 (MQ=255) | CTTGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGC > CP009273/4487362‑4487656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |