| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,493,437 | A→T | 35.3% | intergenic (‑189/‑438) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,493,437 | 0 | A | T | 35.3% | 269.3 / 250.7 | 232 | intergenic (‑189/‑438) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/83); new base T (40/42); total (107/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAAT > CP009273/4493290‑4493583 | caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGa > 1:2517430/1‑148 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATc < 2:1216021/148‑1 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATc < 2:872222/148‑1 (MQ=255) tGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGta > 2:964503/1‑148 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGtata < 2:2135478/148‑1 (MQ=255) tCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAAc < 1:2626875/148‑1 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACa > 1:532080/1‑148 (MQ=255) tCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGt < 2:1472449/148‑1 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATaa > 2:2594466/1‑148 (MQ=255) 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tttGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGtttt < 2:2421138/148‑1 (MQ=255) tttGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGtttt > 1:143699/1‑148 (MQ=255) ttGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTa > 1:671572/1‑148 (MQ=255) ttGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTa < 1:3372205/148‑1 (MQ=255) tATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCa > 1:1341040/1‑148 (MQ=255) tATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCa > 1:2616557/1‑148 (MQ=255) tgtgGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAAc > 2:2254349/1‑148 (MQ=255) gtgGATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACATAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGATATAAAGAAAGCTAAATTAATAACCTCTCAGACTAAAATCATTTGACGAAGGGAGTTTTAaacaaca > 2:46085/1‑147 (MQ=255) gATTGCTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGa < 1:1288752/148‑1 (MQ=255) gATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGa < 1:2670222/148‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTCGTTCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa < 2:2101733/148‑1 (MQ=255) tGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACt > 2:2825424/1‑148 (MQ=255) tGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACt < 1:2160885/148‑1 (MQ=255) tttcGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGa > 1:646356/1‑148 (MQ=255) ttGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGaaa < 2:532080/148‑1 (MQ=255) gATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAAt < 1:1144502/148‑1 (MQ=255) | CAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAAT > CP009273/4493290‑4493583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |