| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,494,721 | G→A | 100% | A283T (GCC→ACC) | yjhB → | putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,494,721 | 0 | G | A | 96.0% | 881.8 / 20.1 | 278 | A283T (GCC→ACC) | yjhB | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/8); new base A (119/148); total (122/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATT > CP009273/4494576‑4494863 | gATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAAcc > 1:1437349/1‑148 (MQ=255) aTACACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCt < 1:2070895/148‑1 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCt < 2:592679/148‑1 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCtt > 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gtgtAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTcc > 2:1907253/1‑148 (MQ=255) | GATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATT > CP009273/4494576‑4494863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |