Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,523,001 | T→A | 92.9% | intergenic (‑1/+55) | yjhP ← / ← yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP009273 | 4,523,001 | 0 | T | A | 92.9% | 598.1 / 28.1 | 196 | intergenic (‑1/+55) | yjhP/yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/11); new base A (83/99); total (86/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.73e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGATGTGGCCGGTCAGGGTCATGGGCTGAGCGGTGAGTGATTGCATCATCC > CP009273/4522857‑4523144 | gCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCataatt > 1:895563/1‑148 (MQ=255) cGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAAAGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTaa < 2:3013791/148‑1 (MQ=255) gAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAGTACGTGGGATATCCATAATTTAAt < 2:1228085/148‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCAtaatttaatt > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |