Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,533,538 | A→T | 11.5% | intergenic (+58/‑7) | fimA → / → fimI | major type 1 subunit fimbrin (pilin)/fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,533,538 | 0 | A | T | 11.5% | 560.9 / 54.0 | 191 | intergenic (+58/‑7) | fimA/fimI | major type 1 subunit fimbrin (pilin)/fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/95); new base T (9/13); total (83/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGCC > CP009273/4533391‑4533685 | aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATaaaa < 2:458430/148‑1 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATaaaaa > 1:3264728/1‑148 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATaaaaa > 2:665488/1‑148 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTNCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATa < 1:1801352/148‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGTACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAAc > 1:1853535/1‑148 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAAc > 1:513319/1‑148 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGa < 1:344156/148‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGa > 1:1848991/1‑148 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGa < 1:2203405/148‑1 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGaa > 2:447086/1‑148 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGaa > 1:1735159/1‑148 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGaaa > 2:2870908/1‑148 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAg < 1:998726/148‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAg < 2:2428762/148‑1 (MQ=255) 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aaaTAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGc > 2:2725555/1‑148 (MQ=255) | ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGCC > CP009273/4533391‑4533685 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |