Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,545,107 | G→T | 12.4% | D239Y (GAT→TAT) | uxuR → | fructuronate‑inducible hexuronate regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,545,107 | 0 | G | T | 12.4% | 804.7 / 58.9 | 249 | D239Y (GAT→TAT) | uxuR | fructuronate‑inducible hexuronate regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/105); new base T (9/22); total (122/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
ACAGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTACTTTGTAAATTGCAGGG > CP009273/4544961‑4545253 | aCAGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGa > 2:248943/1‑148 (MQ=255) aCAGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGa > 2:2407791/1‑148 (MQ=255) aGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGata > 2:3160492/1‑148 (MQ=255) gCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCTAACGTTGACGatat > 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aCAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCg > 1:2125125/1‑148 (MQ=255) aGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCt > 1:2653300/1‑148 (MQ=255) tCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGa < 1:1552673/148‑1 (MQ=255) tCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGa > 2:2937057/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATaa < 2:2363632/148‑1 (MQ=255) 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cgTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGa > 1:2428555/1‑148 (MQ=255) ttAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACg < 2:114518/148‑1 (MQ=255) tAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATCTTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGc > 2:2111711/1‑148 (MQ=255) aaTCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGcc < 2:2414598/148‑1 (MQ=255) aaaaGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATCAAGTCGACGCCTGACtt > 2:1837437/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |