Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,584,756 | A→T | 100% | *305K (TAA→AAA) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,756 | 0 | A | T | 97.6% | 810.8 / 6.6 | 249 | *305K (TAA→AAA) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/4); new base T (121/122); total (123/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAAT > CP009273/4584612‑4584900 | ttAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGa < 1:2663418/148‑1 (MQ=255) tAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTTATCCGTACTTTATGAg > 1:1218693/1‑148 (MQ=255) aaaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGc < 2:2697259/148‑1 (MQ=255) aaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAAAATTTTTAGTCGACTGAGTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCATTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCAGTACTTTATGAGCa > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |