| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,600,972 | G→T | 100% | intergenic (+152/‑241) | prfC → / → osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,600,972 | 0 | G | T | 97.6% | 715.0 / 6.1 | 226 | intergenic (+152/‑241) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (110/110); total (114/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATTCAGAGGCTGTAATGGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGAC > CP009273/4600828‑4601116 | cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGttatg < 2:184405/148‑1 (MQ=255) tCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGttatga > 1:2342539/1‑148 (MQ=255) ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGAc < 1:1283069/148‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACa < 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aGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATGCAGAGGCTGTCCCCGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGAc < 1:3390451/148‑1 (MQ=255) | CTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATTCAGAGGCTGTAATGGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGAC > CP009273/4600828‑4601116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |