Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 435,336 | G→T | 100% | Q100K (CAG→AAG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 435,336 | 0 | G | T | 100.0% | 664.5 / NA | 200 | Q100K (CAG→AAG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (116/84); total (116/84) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGA > CP009273/435193‑435480 | gACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACgg < 1:2241594/148‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGa > 2:106566/1‑148 (MQ=255) gTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATgg < 2:2445553/148‑1 (MQ=255) tGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGt > 2:163703/1‑148 (MQ=255) gcggcgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTg < 1:628702/148‑1 (MQ=255) cgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGACCGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGa > 1:210919/1‑148 (MQ=255) cgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGa < 2:296221/148‑1 (MQ=255) aTTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtt > 2:1996499/1‑148 (MQ=255) ttttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtttt > 2:968355/1‑148 (MQ=255) ttttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtttt > 1:2781549/1‑148 (MQ=255) tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTg < 1:724224/148‑1 (MQ=255) tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTg < 1:2506430/148‑1 (MQ=255) gCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTcg > 1:3475416/1‑148 (MQ=255) gCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTcg > 1:3026127/1‑148 (MQ=255) ccTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTcgc > 1:1438095/1‑148 (MQ=255) ttcttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCgcgg > 2:93053/1‑148 (MQ=255) tcttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCgcggc > 1:3463715/1‑148 (MQ=255) tttttCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGt < 1:777637/148‑1 (MQ=255) ttttCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTc > 2:735309/1‑148 (MQ=255) cagcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCaa > 1:1091166/1‑148 (MQ=255) cagcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCaa > 2:2420313/1‑148 (MQ=255) caACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGCACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAatat > 2:1951410/1‑148 (MQ=255) caACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAt > 2:2105861/1‑148 (MQ=255) ccGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtttt > 1:1646983/1‑148 (MQ=255) ccGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtttt < 2:2774558/148‑1 (MQ=255) gCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTAt < 1:267516/148‑1 (MQ=255) gCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTAt > 2:621497/1‑148 (MQ=255) aaTACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGc > 1:3376133/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGACCGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 2:562829/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 1:997885/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 1:997981/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 1:323437/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 2:1111151/1‑148 (MQ=255) tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 1:1560044/1‑148 (MQ=255) aCCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGa < 1:870632/148‑1 (MQ=255) aCCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGa > 1:2875781/1‑148 (MQ=255) aCCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGa > 1:1311503/1‑148 (MQ=255) cAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATa > 1:2501201/1‑148 (MQ=255) aaTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATaa > 1:1688925/1‑148 (MQ=255) aaTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATaa > 1:3404477/1‑148 (MQ=255) aTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAg > 2:839585/1‑148 (MQ=255) cACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATg < 2:1215233/148‑1 (MQ=255) tGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCcac < 1:2756075/148‑1 (MQ=255) gAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCAGATAAGCCTGATGCCCCACAt > 1:1869676/1‑148 (MQ=255) aGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATc < 1:1192420/148‑1 (MQ=255) tgatgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCaa > 1:3498212/1‑148 (MQ=255) atgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAAt > 1:3273945/1‑148 (MQ=255) tgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATc > 1:306805/1‑148 (MQ=255) gaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCa < 1:3015189/148‑1 (MQ=255) aaTGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCaa < 1:106566/148‑1 (MQ=255) tGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAAtt < 2:803132/148‑1 (MQ=255) tGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAAtt > 2:3128646/1‑148 (MQ=255) ccGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGt < 1:475236/148‑1 (MQ=255) cGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTc > 2:2064507/1‑148 (MQ=255) gACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCa < 2:1153515/148‑1 (MQ=255) cGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCaaa > 2:961693/1‑148 (MQ=255) gCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAAc < 2:1867624/148‑1 (MQ=255) cTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACg > 2:2022926/1‑148 (MQ=255) cTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACg < 1:70664/148‑1 (MQ=255) tACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtg > 2:2161224/1‑148 (MQ=255) tACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtg > 2:268086/1‑148 (MQ=255) tACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtg > 2:2804150/1‑148 (MQ=255) aCGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtgt > 1:1011031/1‑148 (MQ=255) aCGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtgt > 1:1529415/1‑148 (MQ=255) tCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGtgttgt < 1:3064160/148‑1 (MQ=255) tCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGtgttgt > 2:2302769/1‑148 (MQ=255) atatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAg < 1:365204/148‑1 (MQ=255) atatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAg < 1:530440/148‑1 (MQ=255) atagTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAg < 2:2997363/148‑1 (MQ=255) tatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGa < 2:3151973/148‑1 (MQ=255) tatTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGa > 2:2341203/1‑148 (MQ=255) atTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGGCAAAATTTTATGAGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGAc > 1:3348268/1‑148 (MQ=255) tCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCAGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACAt < 1:2023978/148‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAg > 1:1394084/1‑148 (MQ=255) cTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGt > 2:1940987/1‑148 (MQ=255) tttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTg < 1:180082/148‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGc > 1:1994235/1‑148 (MQ=255) ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGc < 2:653651/148‑1 (MQ=255) ccgcGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAgcg > 2:1726703/1‑148 (MQ=255) ccgcGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAgcg < 2:3486011/148‑1 (MQ=255) cACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACgg < 2:2535897/148‑1 (MQ=255) cACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACgg > 1:3186180/1‑148 (MQ=255) aCGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGt > 2:1947438/1‑148 (MQ=255) cGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTc < 1:2712964/148‑1 (MQ=255) ggAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAg < 1:1351832/148‑1 (MQ=255) ggAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAg < 1:2837511/148‑1 (MQ=255) gAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGt < 1:2572843/148‑1 (MQ=255) gAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGt < 2:637211/148‑1 (MQ=255) gAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGt > 1:1538357/1‑148 (MQ=255) aaCGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGtt < 2:3384382/148‑1 (MQ=255) aaCGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGtt < 2:1623474/148‑1 (MQ=255) gggTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGa < 2:3273945/148‑1 (MQ=255) gggTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGa < 1:1638182/148‑1 (MQ=255) gTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGAcc < 2:1723429/148‑1 (MQ=255) tGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATATTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTAAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGAAGCGCCACGGTCAGTTCGACCg > 2:2410884/1‑148 (MQ=255) cAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTg < 2:2275781/148‑1 (MQ=255) gACCGCCTTTCTTACGGTTGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGcc < 1:1538792/148‑1 (MQ=255) cGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAg > 1:3220874/1‑148 (MQ=255) gCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGc > 1:1763568/1‑148 (MQ=255) tttCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCg > 1:68895/1‑148 (MQ=255) | GACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGA > CP009273/435193‑435480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |