Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 500,234 | 0 | C | A | 9.8% | 717.8 / 35.4 | 204 | intergenic (‑82/‑136) | fsr/ushA | putative fosmidomycin efflux system protein/bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/87); new base A (8/12); total (105/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTCGCGTCATACTATTTTTCAACACGTTGAAATCAGGTCAGGGAGAGAAGTATGAAATTATTG > CP009273/500087‑500381 | gTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtcg < 2:846121/148‑1 (MQ=255) ttCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtcgt > 2:2282856/1‑148 (MQ=255) ttCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtcgt > 1:139290/1‑148 (MQ=255) ttCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtcgt > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |