Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 524,496 | T→G | 100% | pseudogene (401/491 nt) | ybbD → | pseudogene |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 524,496 | 0 | T | G | 97.2% | 981.2 / 4.6 | 249 | pseudogene (401/491 nt) | ybbD | pseudogene |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base G (124/118); total (127/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGG > CP009273/524351‑524639 | cccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGgggt > 2:2551060/1‑148 (MQ=255) ccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTa > 1:2886576/1‑148 (MQ=255) ccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTa > 2:28700/1‑148 (MQ=255) cTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTaa < 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aTGGGGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAgg > 2:1606365/1‑148 (MQ=255) | CCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGG > CP009273/524351‑524639 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |