Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 555,648 | G→T | 9.9% | G166C (GGT→TGT) | sfmD → | putative outer membrane export usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 555,648 | 0 | G | T | 9.9% | 793.7 / 40.3 | 229 | G166C (GGT→TGT) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/101); new base T (11/12); total (116/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACA > CP009273/555502‑555795 | gTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACgg > 1:2049556/1‑148 (MQ=255) tGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGt > 1:2746494/1‑148 (MQ=255) gCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGtt < 1:1519214/148‑1 (MQ=255) cATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTa < 1:1647035/148‑1 (MQ=255) tttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACa < 1:3243834/148‑1 (MQ=255) tttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACa < 1:487325/148‑1 (MQ=255) ttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAt > 1:3192245/1‑148 (MQ=255) ttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAt < 2:494250/148‑1 (MQ=255) ttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAt > 1:2186704/1‑148 (MQ=255) ttCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAt > 2:2502816/1‑148 (MQ=255) tCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAACACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAtt < 2:2605935/148‑1 (MQ=255) tCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACAtt > 2:286342/1‑148 (MQ=255) tCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACAtt < 2:2604425/148‑1 (MQ=255) ccGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTcc > 2:1655777/1‑148 (MQ=255) gAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGc < 2:373083/148‑1 (MQ=255) gTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCt < 2:1734578/148‑1 (MQ=255) ttAGCCCACCATCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCAGTACCTGATGCCACAAAAAAATTTGAATTTGCATCGATGCGCCTGAACATCACTAATCCTCAGATAGCGTTGTGGACAAGCCCTCACCGTTACAATACGCCTg > 2:863233/1‑148 (MQ=255) aGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGaa > 1:984744/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAagag < 1:1744352/148‑1 (MQ=255) agcagcAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTg > 2:2643087/1‑148 (MQ=255) agcagcAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTg < 2:1548449/148‑1 (MQ=255) agcagcAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTg < 1:1418778/148‑1 (MQ=255) gcaAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGAt > 2:3042375/1‑148 (MQ=255) aCAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGAGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATACCGCCTGAAGAGTGGGATGAAgg > 1:2418503/1‑148 (MQ=255) aaaTGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTc > 2:951682/1‑148 (MQ=255) aaaTGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTc > 2:2331910/1‑148 (MQ=255) aaaTGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTc < 2:3065663/148‑1 (MQ=255) aaaTGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTc < 1:2586525/148‑1 (MQ=255) aaaTGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTc < 1:2266433/148‑1 (MQ=255) gCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGc < 2:845333/148‑1 (MQ=255) aTCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCtt > 2:920048/1‑148 (MQ=255) tCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCCATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCttt > 2:1694681/1‑148 (MQ=255) aTTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTATGATTTTGCAGCGATTCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACt > 2:2532456/1‑148 (MQ=255) tttACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTc > 2:2437499/1‑148 (MQ=255) tttACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTc > 1:3427038/1‑148 (MQ=255) tttACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTc < 1:550304/148‑1 (MQ=255) ttACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTcc > 2:3219694/1‑148 (MQ=255) ttACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTcc > 2:2861052/1‑148 (MQ=255) aCTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCATg < 1:872347/148‑1 (MQ=255) tGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGaa > 2:2979780/1‑148 (MQ=255) gAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAAt > 2:2014048/1‑148 (MQ=255) aaGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATta < 1:1171210/148‑1 (MQ=255) aaGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATta < 2:576451/148‑1 (MQ=255) aGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATtat < 1:2712330/148‑1 (MQ=255) aGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATtat > 2:2072585/1‑148 (MQ=255) cTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATaa > 2:1840594/1‑148 (MQ=255) cTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATaa > 2:1351352/1‑148 (MQ=255) cTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATaa < 1:3028235/148‑1 (MQ=255) tACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAAttt < 1:1918456/148‑1 (MQ=255) aCCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTc > 1:2037152/1‑148 (MQ=255) cTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCAc > 2:3122849/1‑148 (MQ=255) tGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCAcc > 2:271601/1‑148 (MQ=255) tGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCAcc < 1:969061/148‑1 (MQ=255) tGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGCTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCAcc < 1:3316598/148‑1 (MQ=255) gATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCg > 1:3363427/1‑148 (MQ=255) gCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTa < 2:3301080/148‑1 (MQ=255) gCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTa > 1:3288355/1‑148 (MQ=255) gCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTa < 2:301161/148‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTa < 2:3363427/148‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTa > 1:426474/1‑148 (MQ=255) aCTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTaa < 1:2979780/148‑1 (MQ=255) tttGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATg < 2:1302728/148‑1 (MQ=255) ttGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATgg > 2:434334/1‑148 (MQ=255) tGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGt > 1:2224687/1‑148 (MQ=255) gATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTa < 1:3538103/148‑1 (MQ=255) gATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTa < 2:3352443/148‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTaa < 2:1982052/148‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTaa > 1:768796/1‑148 (MQ=255) ttttGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAAc > 1:1603955/1‑148 (MQ=255) ttGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGa < 1:885574/148‑1 (MQ=255) gCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCt > 1:2858675/1‑148 (MQ=255) gATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTAt < 2:2186704/148‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTAtt > 2:2486361/1‑148 (MQ=255) tGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTAttt < 1:3122849/148‑1 (MQ=255) tGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTAttt < 1:852277/148‑1 (MQ=255) tGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTACCGATAGCTATTTTTTTAg > 2:1140244/1‑148 (MQ=255) gAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACTGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGt < 1:3350057/148‑1 (MQ=255) gAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGt < 1:2699672/148‑1 (MQ=255) gAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGt < 1:2924735/148‑1 (MQ=255) cATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAg < 1:868358/148‑1 (MQ=255) tCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCt < 1:692196/148‑1 (MQ=255) cTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAg < 2:3484183/148‑1 (MQ=255) aTTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCg > 1:2990272/1‑148 (MQ=255) aTTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCg < 1:1655777/148‑1 (MQ=255) aTAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAatc > 2:699569/1‑147 (MQ=255) aTAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAata > 2:2378149/1‑148 (MQ=255) tAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAatat > 2:2189365/1‑148 (MQ=255) tAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAatat > 2:1933477/1‑148 (MQ=255) aGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATAtt > 2:2741685/1‑148 (MQ=255) aGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATAtt > 2:1273086/1‑148 (MQ=255) gCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTg < 1:2014636/148‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTg > 2:3504524/1‑148 (MQ=255) tgttgAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGccc > 1:1018259/1‑148 (MQ=255) tgAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTg < 1:2128922/148‑1 (MQ=255) aGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTCACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGAGGGATTAATATTGGCCCGTGGc > 1:1240408/1‑148 (MQ=255) tAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGt > 1:1503111/1‑148 (MQ=255) tAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGt < 1:941369/148‑1 (MQ=255) gcTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTAc > 1:2479110/1‑148 (MQ=255) gcTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTAc > 1:1875711/1‑148 (MQ=255) ggTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGcaaca > 2:3149411/1‑148 (MQ=255) | GTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACA > CP009273/555502‑555795 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |