| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 581,633 | G→T | 11.8% | L244L (CTC→CTA) | envY ← | porin thermoregulatory transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 581,633 | 0 | G | T | 11.8% | 640.9 / 40.0 | 192 | L244L (CTC→CTA) | envY | porin thermoregulatory transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/89); new base T (9/14); total (89/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACT > CP009273/581488‑581778 | ttAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAAt > 1:2508399/1‑148 (MQ=255) aaaTGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCa < 1:103789/148‑1 (MQ=255) aaTGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCaa < 1:2094610/148‑1 (MQ=255) aTGTCTTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCTAGATAATTCAAc > 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cTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGAGTAACGCATa > 2:2111815/1‑148 (MQ=255) | TTGACTTAAAATGTCGTTCTAGGAACTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCAGGGCGCGCCATTTCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACT > CP009273/581488‑581778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |