| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 634,078 | T→A | 10.7% | intergenic (‑49/‑323) | dsbG ← / → ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 634,078 | 0 | T | A | 10.7% | 743.8 / 64.5 | 252 | intergenic (‑49/‑323) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/93); new base A (13/14); total (145/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TGTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACAC > CP009273/633931‑634224 | tGTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCt < 1:2602022/148‑1 (MQ=255) tAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTAt < 2:14997/148‑1 (MQ=255) aaTGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAATGGCATAACCTATc > 1:2858153/1‑148 (MQ=255) tGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCAc > 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aaTCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAag < 1:597676/148‑1 (MQ=255) aTCGCTTGTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAaga < 2:225576/148‑1 (MQ=255) cGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGc > 2:16098/1‑148 (MQ=255) cGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGc > 1:323081/1‑148 (MQ=255) gCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCt > 2:3023554/1‑148 (MQ=255) 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cTATCACGGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTacac > 2:1029009/1‑148 (MQ=255) | TGTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACAC > CP009273/633931‑634224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |