Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 76,821 | G→T | 100% | G177G (GGC→GGA) | leuC ← | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 76,821 | 0 | G | T | 96.8% | 573.5 / 9.0 | 188 | G177G (GGC→GGA) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (114/68); total (118/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TTTCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGTTGCCAGTACGTGTTCAACTTCGGAAGTGCCGATACCAAAGGCCAGTGCGCCAAACGCGCCGTGGGTGGCGGTATG > CP009273/76676‑76964 | tttCGATTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTcc < 2:738767/148‑1 (MQ=255) aTTGCCATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGgcg < 2:2256054/148‑1 (MQ=255) cATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCt < 1:3503717/148‑1 (MQ=255) cATATTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCt > 2:1698741/1‑148 (MQ=255) atatTGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCtt > 1:2495893/1‑148 (MQ=255) ttGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAATCTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGc > 2:399253/1‑148 (MQ=255) ttGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGc > 2:2646266/1‑148 (MQ=255) tGCACAGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGcc < 2:547630/148‑1 (MQ=255) tGCACAGGGTCATACCACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTCCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGcc > 1:2446386/1‑148 (MQ=255) aGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCTCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGa < 1:3264903/148‑1 (MQ=255) aGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGa < 2:1321266/148‑1 (MQ=255) aGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGa < 1:3305510/148‑1 (MQ=255) aGGGTCATACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGa > 2:104995/1‑148 (MQ=255) tACGACCTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAAt > 2:2533445/1‑148 (MQ=255) ccTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTCATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCa > 2:2049774/1‑148 (MQ=255) ccTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCa > 2:1365938/1‑148 (MQ=255) cTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCAt > 1:2435497/1‑148 (MQ=255) cTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCAt < 1:2582524/148‑1 (MQ=255) cTTCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCAt < 1:185666/148‑1 (MQ=255) tCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATgg > 1:444315/1‑148 (MQ=255) tCCATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATgg > 1:887515/1‑148 (MQ=255) ccATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGt > 1:3130608/1‑148 (MQ=255) ccATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGAACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTATGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGt > 1:1359047/1‑148 (MQ=255) cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtt < 1:111479/148‑1 (MQ=255) cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtt > 2:316461/1‑148 (MQ=255) cATGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtt > 2:1405619/1‑148 (MQ=255) tGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtttt < 1:1455632/148‑1 (MQ=255) tGCTTAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGtttt > 2:1549727/1‑148 (MQ=255) tAAATCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTgcg > 1:1830902/1‑148 (MQ=255) aaaTCACGGATTGCTTCGCCACAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTgcgc > 1:3326573/1‑148 (MQ=255) aaTCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGcgcg > 2:1372113/1‑148 (MQ=255) aTCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCgg > 2:2972860/1‑148 (MQ=255) tCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGc > 2:1323650/1‑148 (MQ=255) tCACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACAACAAGCCCGGTGCAGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTAGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGAGCGGc > 2:1322854/1‑148 (MQ=255) cACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGTTGCCGCCTGCGCTACCTGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTATTGCGGTAATTCCCGTCGCGGCTTTGCACTGGACTACAATTATCATGGTTTTTGCGCggac > 2:665660/1‑146 (MQ=255) cACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGcc < 2:1066694/148‑1 (MQ=255) cACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGcc < 2:1669766/148‑1 (MQ=255) cACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGcc < 2:92957/148‑1 (MQ=255) cACGGATTGCTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGcc > 2:1731742/1‑148 (MQ=255) 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cTTCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATGCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAg > 2:342501/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAggg > 1:1557248/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAggg > 1:2065855/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCAAGATATCTTTTGCGTTAATTCCCGGCGCTGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAggg < 1:1969175/148‑1 (MQ=255) cgccgcAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGt < 2:2009452/148‑1 (MQ=255) ccgcAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGttt > 1:586162/1‑148 (MQ=255) ccgcAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGttt > 2:3002061/1‑148 (MQ=255) ccgcAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGttt > 1:1387783/1‑148 (MQ=255) cAAAACTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCg > 1:2700945/1‑148 (MQ=255) aaaCTCCACCACATGCCCGGTGCCGCCTGCGCTACCGGTTTTACCGATAATTGCCAGCACGATATCTTTTGCGGTAATTCCCGGCGCGGCTTTGCCCTGGACTTCAATTTTCATGGTTTTTGCGCGGCCCTGTTTCAGGGTTTGCGtt > 1:153818/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |