| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 731,601 | C→A | 5.2% | L166I (CTC→ATC) | ybfC → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 731,601 | 0 | C | A | 5.2% | 911.8 / 14.6 | 241 | L166I (CTC→ATC) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/120); new base A (7/6); total (115/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCGAACAAAAATGAGTCTTACGAATGTTTAATAAAGATACAGCATGAACTAATTCGTAGTGAAGAGAAATAAAATCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCG > CP009273/731454‑731748 | gCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACAtct < 1:2997284/148‑1 (MQ=255) tCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCg > 1:3455398/1‑148 (MQ=255) tttAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCGAACa > 2:2129975/1‑148 (MQ=255) ttAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCGAACaa 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tctcCCGAACAAAAATGAGTCTTACGAATGTTTAATAAAGATACAGCATGAACTAATTCGTAGTGAAGAGAAATAAAATCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGc > 1:1241672/1‑148 (MQ=255) | GGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCGAACAAAAATGAGTCTTACGAATGTTTAATAAAGATACAGCATGAACTAATTCGTAGTGAAGAGAAATAAAATCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCG > CP009273/731454‑731748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |