| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 747,068 | A→T | 25.2% | I186I (ATT→ATA) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 747,068 | 0 | A | T | 25.2% | 387.3 / 151.1 | 202 | I186I (ATT→ATA) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/81); new base T (31/20); total (101/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCAC > CP009273/746921‑747215 | ggTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTa < 1:1929750/148‑1 (MQ=255) ttCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAAtt < 2:2007482/148‑1 (MQ=255) tCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTATTc > 1:1104860/1‑148 (MQ=255) ccGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCcgg 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aCTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTa > 1:56645/1‑148 (MQ=255) agagCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTATTCCGGCGGTACCGTAGGCa < 1:1059515/148‑1 (MQ=255) agagCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCAATGCCCCGGCGTTAATTACTGCTGTACCGTAGGCa > 2:627994/1‑148 (MQ=255) cTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAg < 2:1005916/148‑1 (MQ=255) tAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAgg > 2:2474971/1‑148 (MQ=255) 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aaTTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCAc > 2:750966/1‑148 (MQ=255) | GGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCAC > CP009273/746921‑747215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |