| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 888,964 | C→T | 100% | intergenic (+75/‑276) | ybjN → / → potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 888,964 | 0 | C | T | 97.4% | 757.6 / 7.5 | 233 | intergenic (+75/‑276) | ybjN/potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/3); new base T (99/127); total (102/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG > CP009273/888820‑889108 | ccATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTa < 1:2198863/148‑1 (MQ=255)ccATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTa < 2:628335/148‑1 (MQ=255) aTCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTaaa > 2:1790373/1‑148 (MQ=255) cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGa < 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ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta < 1:1631009/148‑1 (MQ=255) ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta < 1:3061231/148‑1 (MQ=255) ctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTAttt < 1:1790373/148‑1 (MQ=255) tgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTc > 2:1509540/1‑148 (MQ=255) tgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTc < 1:502903/148‑1 (MQ=255) 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aGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAttt < 1:2111208/148‑1 (MQ=255) cAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCt < 1:1384151/148‑1 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTa > 1:1260177/1‑148 (MQ=255) acaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTAt < 1:1936407/148‑1 (MQ=255) caacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATc > 2:668998/1‑148 (MQ=255) caacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATc > 2:2494913/1‑148 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca > 1:2034120/1‑148 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca < 1:1890789/148‑1 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca < 1:904769/148‑1 (MQ=255) tACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATag < 1:88737/148‑1 (MQ=255) 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ttttttAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAg > 1:406398/1‑148 (MQ=255) | CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG > CP009273/888820‑889108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |