| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 945,649 | G→T | 5.6% | E176* (GAA→TAA) | ycaK → | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 945,649 | 0 | G | T | 5.6% | 659.2 / 12.5 | 179 | E176* (GAA→TAA) | ycaK | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/78); new base T (7/3); total (98/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAAT > CP009273/945502‑945796 | gcgcTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGgaag > 2:3171575/1‑148 (MQ=255)gcgcTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGgaag < 2:723904/148‑1 (MQ=255) cTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAAc < 2:906412/148‑1 (MQ=255) gTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTc > 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aCAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAACATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATaaa > 2:812189/1‑148 (MQ=255) cAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAg < 2:1978380/148‑1 (MQ=255) gTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGtt < 2:2175835/148‑1 (MQ=255) tGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCTAGATATTATCAGTCTTTATTATCTCAGGTACGGGATTTGGTAGATGCAATATAAGATGTTTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTg < 1:2173524/148‑1 (MQ=255) ttCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAAAAAAGTTGCCGCt > 1:3478921/1‑148 (MQ=255) tCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACTCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCtt < 2:2826698/148‑1 (MQ=255) tGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGTTGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAATCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACg > 1:3553334/1‑148 (MQ=255) tGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACg > 1:1935845/1‑148 (MQ=255) gaagaaCTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGTGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAACGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGa < 1:1848955/148‑1 (MQ=255) aagaaCTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATATAAGGTACGGGCTATGGTGGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAATCGGCAACTCAAAAAAGTTGCCGCTTTACGGGGaa > 1:1573464/1‑148 (MQ=255) gaaCTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAAt < 2:2792859/148‑1 (MQ=255) | GCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAAT > CP009273/945502‑945796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |