| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,014,981 | G→T | 7.8% | R177S (CGT→AGT) | ompA ← | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,014,981 | 0 | G | T | 7.8% | 601.0 / 17.4 | 167 | R177S (CGT→AGT) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/72); new base T (7/7); total (88/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTT > CP009273/1014834‑1015128 | tgaagttgaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGATTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACg > 1:1937798/1‑148 (MQ=255) gaagttgaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGa > 1:1900178/1‑148 (MQ=255) gaagttgaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGa < 2:2065204/148‑1 (MQ=255) gaagttgaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGa < 2:2065207/148‑1 (MQ=255) gttgaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTg < 2:765119/148‑1 (MQ=255) gaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCg < 2:1599772/148‑1 (MQ=255) gaaCAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCg < 1:2832822/148‑1 (MQ=255) cAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATg > 1:1423546/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |