| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,087,484 | A→T | 7.3% | Y88N (TAC→AAC) | pgaA ← | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,087,484 | 0 | A | T | 7.3% | 632.1 / 31.9 | 204 | Y88N (TAC→AAC) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/93); new base T (5/10); total (101/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAGGCAATCTGTAACCAGTCAGCAATTTGGTTATTGCTGAGTGCTGATTTTAGTGCAAACCATGACAAAGCTGGCTGAGTATTACCCTTGCGAGCTTCAATAATCAATGCATC > CP009273/1087337‑1087631 | cccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTa > 1:1375857/1‑148 (MQ=255)cccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTa > 2:2443010/1‑148 (MQ=255) ccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaa < 2:193419/148‑1 (MQ=255) ccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaa < 2:2897442/148‑1 (MQ=255) gTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAAc > 1:1845816/1‑148 (MQ=255) ttGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCTACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 1:2700457/1‑148 (MQ=255) tGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg < 1:1119942/148‑1 (MQ=255) tGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg > 2:1233738/1‑148 (MQ=255) tGATAATCCTTATTATGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACTGTAGCGGTTGTAAAAgg > 1:1930022/1‑148 (MQ=255) 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cGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTACGCGTGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTTAACGGTAATAACCTGTTTATCt < 1:959118/148‑1 (MQ=255) cTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGc > 2:3417231/1‑148 (MQ=255) agagagCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGcc > 2:473466/1‑148 (MQ=255) gagagCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGccc > 1:2411851/1‑148 (MQ=255) gagCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCAt > 2:885462/1‑148 (MQ=255) agCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATa > 2:2101297/1‑148 (MQ=255) agCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATa > 1:3124869/1‑148 (MQ=255) cgcCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAg > 2:602995/1‑148 (MQ=255) cTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAGGCa > 2:3518827/1‑148 (MQ=255) tttGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAGGCAAt < 1:946394/148‑1 (MQ=255) 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gTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAGGCAATCTGTAACCAGTCAGCAATTTGGTTATTGCTGAGTGCTGATTTTAGTGCAAACCATGACAAAGCTGGCTGAGTATTACCCTTGCGAGCTTCAATAATCAATGca < 2:389462/148‑1 (MQ=255) | CCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGCCCGGCCCATAAGGCAATCTGTAACCAGTCAGCAATTTGGTTATTGCTGAGTGCTGATTTTAGTGCAAACCATGACAAAGCTGGCTGAGTATTACCCTTGCGAGCTTCAATAATCAATGCATC > CP009273/1087337‑1087631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |