| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,118,591 | C→A | 8.6% | G47C (GGT→TGT) | yceB ← | lipoprotein, DUF1439 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,118,591 | 0 | C | A | 8.6% | 472.8 / 17.0 | 139 | G47C (GGT→TGT) | yceB | lipoprotein, DUF1439 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/63); new base A (5/7); total (69/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCT > CP009273/1118444‑1118738 | ttCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTTGGTGGTAAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGa > 2:1572277/1‑148 (MQ=255) gTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACAAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCtt < 2:2211436/148‑1 (MQ=255) tCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGaa > 2:726137/1‑148 (MQ=255) cTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGAGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTAAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAattat 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tatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc < 2:1763881/148‑1 (MQ=255) tGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaa > 1:3304520/1‑148 (MQ=255) gggCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaaa < 1:171871/148‑1 (MQ=255) tCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATaaaa > 1:167835/1‑148 (MQ=255) cAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATaaaaa < 1:515800/148‑1 (MQ=255) 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cGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCAt < 2:2880356/148‑1 (MQ=255) gggTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATg < 2:2583435/148‑1 (MQ=255) ggTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATgg > 1:2473200/1‑148 (MQ=255) ggTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATgg > 2:2127855/1‑148 (MQ=255) tataCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTa < 2:836782/145‑1 (MQ=255) 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cGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCt > 1:2088380/1‑148 (MQ=255) | GTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCT > CP009273/1118444‑1118738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |